然而，帝汶的牧师们还是决心铲除耶和华见证人。1961年，他们向宗教部和当地军方施压，结果挨家挨户的传道工作受到禁止。弟兄们于是调整传道方法，他们在市场和井旁向人作见证，也去海边跟刚捕鱼回来的渔夫交谈，有时还到墓园跟打扫墓地的家属传道。一个月后，军方的态度缓和下来，他们透过电台广播宣布，帝汶是个享有宗教自由的地方。宗教部的人却坚持禁止挨家挨户传道工作，弟兄们于是要求他们做出书面声明，但是官员拒绝了。这件事结束后，弟兄们终于可以不受限制，再次挨家挨户地传道。

1960年，雅加达一个著名的荷兰神学家出版了一本书，抨击耶和华见证人是假基督徒，这引发许多牧师联合起来谴责见证人。举例说，有个小镇的牧师写信给宗教部的官员，指控见证人“混淆他们教徒的信念”。当官员们请弟兄对这些指控作出回应时，弟兄陈述事实，作了美好的见证。一个有信仰的官员劝他的同事：“不要干涉耶和华见证人，他们正唤醒沉睡的基督新教徒。”

1964年，巴布亚省的一些基督新教牧师一起向省议会的宗教社会委员会申诉，以禁止耶和华见证人的工作，于是印尼分部办事处要求在委员会面前为信仰辩护。泰戈尔·胡塔索伊特说：“我们在委员会成员面前发表了将近一小时的演讲，清楚解释我们的圣经教育工作。有个基督新教的政治人物，诬告我们在巴布亚挑起宗教骚动，可是多数伊斯兰教的委员却很同情我们。他们说：‘宪法保障宗教自由，所以你们有权向人传道。’这场会议后，巴布亚的一位政府高官宣布：‘新政府……保卫宗教自由，即使是新兴的宗教团体也受到保障。’”