曾有一段很長的時間，不同的國家都爭奪阿爾巴尼亞的控制權，結果為當地帶來不少宗教衝突。到16世紀初，阿爾巴尼亞在宗教方面四分五裂，有些人自稱是伊斯蘭教徒，有些人自稱是東正教徒，也有些人自稱是天主教徒。

後來，鑑於政府的政策，宗教組織實際上無法存在。第二次世界大戰以後，共產政權取締了所有宗教組織，宣告阿爾巴尼亞為世上第一個無神主義的國家。