兩個大教派是什葉派和遜尼派。不過，兩者都有很多分支派別。在每100名穆斯林當中，大約有83個是遜尼派，15個是什葉派。其他的則分屬各個不同的派別，例如德魯茲派、黑人穆斯林和印尼的阿班加派，這個教派把伊斯蘭教、佛教、印度教和當地的各宗教混合起來。

什葉派這個少數派的特色是相信宗教和古蘭經含有奧祕或隱藏的意義。可是，實際上使什葉派與主流派分裂的乃是繼承的問題。什葉派（Shiites, 這詞的意思是「黨派」，所指的是「阿里[‛Alī]的黨派」）堅守稱為正統主義的信條，聲稱統治權只屬於穆罕默德的表親兼女婿阿里和阿里的子孫。

阿里和他的子孫是伊瑪目(imams)，是擁有絕對屬靈權威的領袖。至於曾經有過多少個伊瑪目，則言人人殊，可是那稱為十二什葉的最大什葉派卻相信一共有過12個伊瑪目。在公元878年，第十二個伊瑪目「隱去」了，那便是說，他應許會在世界末日回來建立一個公平的伊斯蘭政府，然後就失了蹤。

什葉派的回教徒每年紀念穆罕默德孫兒侯賽因(Husayn)的殉教。作家拉曼(Rahman)評論說：「什葉派的回教徒從小受到教養，對殉教事件十分熟悉，因此很可能養成深刻的悲劇感和不平感，把殉教視為一種理想。」

較近代形成的一個著名教派是19世紀中葉從伊朗的什葉派伊斯蘭教發展而成的巴哈教(Baha’i)。