然而，帝汶的牧師們還是決心鏟除耶和華見證人。1961年，他們向宗教部和當地軍方施壓，結果挨家挨戶的傳道工作受到禁止。弟兄們於是調整傳道方法，他們在市場和井旁向人作見證，也去海邊跟剛捕魚回來的漁夫交談，有時還到墓園跟打掃墓地的家屬傳道。一個月後，軍方的態度緩和下來，他們透過電台廣播宣布，帝汶是個享有宗教自由的地方。宗教部的人卻堅持禁止挨家挨戶傳道工作，弟兄們於是要求他們做出書面聲明，但是官員拒絕了。這件事結束後，弟兄們終於可以不受限制，再次挨家挨戶地傳道。

1960年，雅加達一個著名的荷蘭神學家出版了一本書，抨擊耶和華見證人是假基督徒，這引發許多牧師聯合起來譴責見證人。舉例說，有個小鎮的牧師寫信給宗教部的官員，指控見證人「混淆他們教徒的信念」。當官員們請弟兄對這些指控作出回應時，弟兄陳述事實，作了美好的見證。一個有信仰的官員勸他的同事：「不要干涉耶和華見證人，他們正喚醒沉睡的基督新教徒。」

1964年，巴布亞省的一些基督新教牧師一起向省議會的宗教社會委員會申訴，以禁止耶和華見證人的工作，於是印尼分部辦事處要求在委員會面前為信仰辯護。泰戈爾·胡塔索伊特說：「我們在委員會成員面前發表了將近一小時的演講，清楚解釋我們的聖經教育工作。有個基督新教的政治人物，誣告我們在巴布亞挑起宗教騷動，可是多數伊斯蘭教的委員卻很同情我們。他們說：『憲法保障宗教自由，所以你們有權向人傳道。』這場會議後，巴布亞的一位政府高官宣布：『新政府……保衛宗教自由，即使是新興的宗教團體也受到保障。』」