然而，宗教卻是馬雅文明的陰暗面。馬雅人崇拜各種各樣的神祇，包括太陽神、月亮神、雨神、玉米神，以及許多別的神。他們的祭司熱中於觀察星象。馬雅人崇拜時會獻香、放血、使用偶像、自殘身體和獻上活人，特別是獻囚犯、奴隸或兒童為祭。

西班牙征服者

16世紀初，西班牙人來到中美洲，發現了輝煌一時的馬雅文明。這些西班牙征服者有兩個目標：第一，奪取土地和財富；第二，使馬雅人歸信天主教和擺脫野蠻的異教習俗。西班牙人征服馬雅人後，真的為馬雅人帶來了屬靈或其他方面的自由嗎？

西班牙人和天主教會的教士奪去馬雅人的土地，也就是馬雅人自古就用刀耕火種法耕種的土地。此後，馬雅人的生活變得非常困苦，他們心裡也燃起了熾烈的仇恨。另外，西班牙殖民者又霸佔了尤卡坦半島的灰岩坑，也就是當地惟一的水源。除了西班牙政府要馬雅人交納重稅，天主教會也要他們每年上繳人頭稅，男人12.5里亞爾a，女人9里亞爾，這使他們的生活雪上加霜。此外，西班牙人地主還趁機剝削，他們先替馬雅人交納稅款給教會，然後強迫馬雅人做工來還債，馬雅人就變相成了奴隸。

教士每逢為馬雅人舉行浸禮、婚禮或喪禮等宗教儀式，都會收取費用。就這樣，教會通過奪取土地、收取人頭稅和各種費用，不斷從馬雅人身上漁利。教士和其他當權者又認為，所有農民天性都迷信無知，馬雅人也不例外，因此必須用鞭子加以抽打管教，好除去他們的迷信本質。

沒有真正的自由

不論是西班牙人引進的天主教，還是那場種姓戰爭，都沒有為馬雅人帶來真正的自由。今天，馬雅人所奉行的，是一種由羅馬天主教和本土傳統習俗融合而成的宗教。

談到現代的馬雅人，《馬雅文明三千年》（英語）一書說：「馬雅人既在原野、洞穴、山林敬奉祖先和自然界的各種力量……又在教堂裡崇拜聖人。」在馬雅人眼中，羽蛇神庫庫勒堪就是耶穌，月亮女神也等同聖母馬利亞。另外，馬雅人雖然以崇拜十字架取代敬奉神聖木棉樹，卻給十字架澆水，像給樹澆水一樣。他們的十字架上沒有耶穌像，卻用了木棉花來裝飾。