天主教歷史家尼科利諾·薩拉萊說，若望保祿二世的「『自我批判』計劃是個策略，要達到的目的是普世教會聯合」。

可是，教會請求恕罪並不僅為了這個理由。今天，基督教國的可恥記錄已廣為人知。神學家漢斯·烏爾斯·馮·巴爾塔扎說：「教宗所隸屬的教會做了和獲准做了不少的事，是我們今天無法認可的。」因此，教宗設立了一個委員會「去為教會歷史黑暗的一面作個交代，……好向世人請求恕罪」。教會願意自我批判的另一個理由看來是，教會想恢復受尊重的道德地位。

並非人人都認為教會應當公開請求恕罪。例如，教宗為販賣奴隸一事請求恕罪，同時恢復了像胡斯和加爾文等異見分子的地位，一群羅馬天主教徒就為此感到不安。據梵蒂岡消息透露，教宗在發給樞機主教的文件中建議，教會對過去1000年來的天主教歷史作一番「良心上的檢討」。這份文件被出席1994年6月舉行的教會議會的樞機主教大事批評。可是，教宗堅持要把這個建議的內容加入一份通諭裡，但意大利樞機主教賈科莫·比菲卻在他所發出的牧函中堅稱：「教會無罪。」然而他承認：「為過去多個世紀神職人員的過犯請求恕罪，……可以使天主教會在一般人眼中有個較好的形象。」

梵蒂岡評論員路易吉·阿卡托利說：「悔罪是天主教會內最具爭議性的問題之一。如果教宗承認傳教士的罪行，有些循規蹈矩的傳教士自然會感到不悅。」此外，一位羅馬天主教作家寫道：「如果教宗真的認為教會歷史這樣可怕，我們實在很難理解，他又怎麼把同一個教會譽為『人權』的傑出倡導者和我們的『母親兼導師』，帶領人類走向真正光明的第三個一千年。」

關於教宗屢次發表的自我批判，樞機主教比菲語帶諷刺地問道：「對於以往所犯的罪行，我們等候世界大審判來臨不是好得多嗎？」審判全人類的日子即將來臨了。耶和華上帝清楚知道宗教的黑暗歷史。他很快就要跟一切作惡的人算賬。（啟示錄18:4-8）