海水變色現象的成因是什麼？赤潮通常由一些微生物，可能是單細胞海藻或稱為腰鞭毛蟲的原生動物引致。這些微型有機生物長有毛，稱為鞭毛，能夠幫助牠們在水裡前進。單是腰鞭毛蟲也有二千多種，其中三十種帶有毒素。牠們通常在含鹽量高的溫水區出沒。

要是微小的腰鞭毛蟲突然急劇繁殖，赤潮就會出現。有時牠們在水中的濃度可以多達每公升5000萬個！雖然科學家也未能完全明白這種現象的成因，但他們發現海水在某幾種因素影響下會誘發腰鞭毛蟲暴增。這些因素包括天氣反常、溫度適中、水中營養過剩、陽光充沛和海水處於順流狀態。有時大雨會把礦物和養分從陸地沖到海邊。這些養分也會引致腰鞭毛蟲增生。結果怎樣？赤潮就出現了！

某些品種的腰鞭毛蟲會在水裡釋放毒素，使各種魚類和海洋生物癱瘓，甚至死亡。

赤潮毒

一些腰鞭毛蟲會分泌一種毒素，稱為石房蛤毒素。這種毒素是水溶鹽，能夠破壞人類的神經系統，所以也界定為神經毒素。《新不列顛百科全書》指出，「水裡的赤潮毒素會影響人的呼吸系統」。有時赤潮毒素會由於波浪作用而散布在空氣中，附近的沙灘度假地也被迫關閉。