然而，宗教卻是馬雅文明的陰暗面。馬雅人崇拜各種各樣的神祇，包括太陽神、月亮神、雨神、玉米神，以及許多別的神。他們的祭司熱中於觀察星象。馬雅人崇拜時會獻香、放血、使用偶像、自殘身體和獻上活人，特別是獻囚犯、奴隸或兒童為祭。

談到現代的馬雅人，《馬雅文明三千年》（英語）一書說：「馬雅人既在原野、洞穴、山林敬奉祖先和自然界的各種力量……又在教堂裡崇拜聖人。」在馬雅人眼中，羽蛇神庫庫勒堪就是耶穌，月亮女神也等同聖母馬利亞。另外，馬雅人雖然以崇拜十字架取代敬奉神聖木棉樹，卻給十字架澆水，像給樹澆水一樣。他們的十字架上沒有耶穌像，卻用了木棉花來裝飾。