到第六世紀，西羅馬帝國已垮台。取而代之的是它的東方副本，以君士坦丁堡為首都的拜占庭帝國。但東方和西方教會雖然時常交惡，不久就看出大家正受著一個共同敵人——迅速擴張的伊斯蘭版圖——所威脅。

東方教會最遲在第七世紀已意識到這點，因為當時回教徒佔領了埃及和拜占庭帝國在北非的其他領土。

自1054年東方教長塞魯拉利斯(Michael Cerularius)與西方樞機主教亨伯特(Humbert)互相把對方逐出教會以來，東西方教會的關係日趨緊張，而十字軍則使關係更為惡化。十字軍在佔領的城市中以拉丁主教取代希臘教士，於是東西方的分裂更蔓延到平民當中。

兩個教會的分裂在第四次十字軍東征時達到高潮，據前任英國教會坎特伯雷法政會長沃達姆(Herbert Waddams)說，教皇英諾森三世所玩弄的是「兩面手法」。在一方面，教皇對劫掠君士坦丁堡一事表示憤怒。（參看第31頁的附框。）他寫道：「希臘人的教會看見拉丁民族立下作惡的榜樣，行為有如魔鬼，使希臘人有充分理由憎惡他們甚於憎惡狗，我們又怎能期望他們再度效忠於羅馬教會。」另一方面，教皇利用機會在當地建立一個受西方教長管轄的拉丁王國。

經過兩個世紀的連年爭戰之後，拜占庭帝國已衰弱到無法抵擋土耳其人的大舉進攻。在1453年5月29日，土耳其人終於攻陷了君士坦丁堡。傾覆這個帝國的不僅是伊斯蘭教的刀劍，帝國在羅馬的姊妹教會所揮舞的刀劍也難辭其咎。