傳說穆罕默德本人預見到伊斯蘭教會發展成為72個不同教派。但今日有些權威人士聲稱已有數百派系之多。

兩個大教派是什葉派和遜尼派。不過，兩者都有很多分支派別。在每100名穆斯林當中，大約有83個是遜尼派，15個是什葉派。其他的則分屬各個不同的派別，例如德魯茲派、黑人穆斯林和印尼的阿班加派，這個教派把伊斯蘭教、佛教、印度教和當地的各宗教混合起來。

例如，西方稱之為伊斯蘭神祕主義的蘇菲派(Sufism)在第八和第九世紀出現，迅速發展成為大眾的宗教運動。到了12世紀，蘇菲派的修道會和兄弟會已廣泛散布各處。蘇菲派的僧院在重要性上幾乎超越清真寺。蘇菲派的宗教儀式包括以聚精會神或狂熱舞蹈所誘發的自我催眠、誦念信條、相信奇跡和崇拜聖者等。

蘇菲派甘願與當地的習俗和信仰妥協。土耳其人保留他們的薩滿教儀式，非洲人保留他們的巫醫，印度人保留他們的印度教和印度教之前的聖者和神祇，至於印尼人——正如《新大英百科全書》說——則「在伊斯蘭教的儀式之下保留他們在伊斯蘭教之前的世界觀。」

較近代形成的一個著名教派是19世紀中葉從伊朗的什葉派伊斯蘭教發展而成的巴哈教(Baha’i)。另一派是遜尼派的一個分支，稱為亞赫默底亞(Aḥmadīyah)，是19世紀後期在印度發起的。當時有一個自命為先知的亞赫默(Mirza Ghulam Ahmad)聲稱自己是穆罕默德降世，耶穌復臨和印度教克里希納神的化身。他聲言耶穌從各各他死裡逃生之後去到印度，在那裡繼續活動，直至120歲才逝世。