酸性雨若被土地吸收，就會分解其中的天然礦物，例如鈣、鉀和鋁等，並且把它們帶進底土，因而剝奪了樹木和植物的重要養分來源。

目前的研究看來表明，燃燒化石燃料的工廠和汽車廢氣把微量的有毒金屬噴在空氣之中，與酸性雨結合起來，以致破壞植物維生的必需養分。若干權威人士認為，由於土壤繼續酸性化，微量元素可能分解開來，被樹根所吸收，因而斷絕了樹木的水分供應。

弗賴堡大學導師莫爾(Hans Mohr)聲稱困難可能是由氮所造成，而氮正是植物時常短缺的物質。他提及研究顯示，在以往20年間，空氣中的氮化合物增加了百分之50。這種增加的主要因素是汽車廢氣；靜電放射；煤氣；石油；燒煤的中央暖氣系統；農業和廢物處理廠發出的氨。格丁根大學的烏爾里克(Bernhard Ulrich)聲稱樹木不是被空氣中的物質所窒息而是被泥土中的物質所毒害。其他的權威人士則歸咎於臭氧層、水位的逐漸下降或林業政策的不當。

以上所引的同一份美國雜誌(Smithsonian)評論說：「一種新的研究方法認為罪責不光是空氣污染，而是尚未為人所知的各種因素的交互作用，因此整體的影響大於個別部分的影響。」這是極有可能的，因為可稱為空氣污染物的化學化合物就有將近3000種之多。在過去數十年間它們逐漸累積起來，使森林受到不斷的打擊。

只要生態系統完整無缺，並且堅強到足以抗拒污染的影響，一切便會安然無恙。但如今當各種造成疾病的原因，例如降霜、乾旱和蟲害等出現時，樹木本身已軟弱到沒有抵抗力了。