Jan Hyrkanos, poslední Šimonův syn, totiž dostal výstrahu, že je ohrožen jeho život. Těch, kdo se jej chystali zavraždit, se zmocnil a sám se stal vůdcem a veleknězem místo svého otce.

Další expanze a útisk

Jan Hyrkanos musel nejprve čelit vážné hrozbě ze strany syrského vojska, ale potom v roce 129 př. n. l. Seleukovci prohráli rozhodující bitvu s Parthy. O důsledcích, jež z této války vyplynuly pro seleukovskou dynastii, židovský učenec Menahem Stern napsal: „Ve skutečnosti se zhroutila celá struktura království.“ Hyrkanos proto „mohl v plné míře obnovit politickou nezávislost Judeje a začít své území rozšiřovat různými směry“. A expanzi skutečně zahájil.

Ze strany Sýrie nyní nehrozil žádný zásah, a Hyrkanos proto začal dobývat různá území mimo Judeu a podmaňoval si je. Obyvatelé byli nuceni přijmout židovské náboženství, jinak by jejich města byla srovnána se zemí. Jedno takové tažení bylo namířeno proti Idumejcům (Edomitům). Stern k tomu poznamenal: „V případě Idumejců šlo o první konverzi svého druhu; šlo totiž o celý národ, ne o několik jednotlivců.“ K dalším dobytým územím patřilo Samaří, kde Hyrkanos srovnal se zemí samaritánský chrám, který stál na hoře Gerizim. Historik Solomon Grayzel poukázal na to, jak paradoxní se jeví vynucovaná konverze, kterou prosazovali Hasmoneovci. Napsal: „Vnuk Mattatiáše [otce Judy Makabejského] přitom porušoval právě tu zásadu, kterou předcházející generace tak šlechetně hájila — totiž náboženskou svobodu.“

Objevují se farizeové a saduceové

O rostoucím vlivu farizeů a saduceů začíná Josephus pojednávat teprve ve spojitosti s vládou Hyrkana.

Josephus vypráví, že Jan Hyrkanos byl zpočátku žákem a podporovatelem farizeů. Jednou ho však farizeové napomenuli za to, že se nevzdal velekněžského úřadu. To vedlo k prudké roztržce. Hyrkanos postavil náboženské předpisy farizeů mimo zákon. Dalším trestem pro farizey bylo to, že se Hyrkanos postavil na stranu jejich náboženských odpůrců, saduceů.