Mnozí z jeho žáků zápolili s tehdejšími filozofickými problémy. Origenes jim chtěl pomoci, a proto zevrubně studoval různé filozofické školy, které formovaly mladou mysl jeho žáků. Rozhodl se, že svým žákům poskytne na jejich filozofické otázky uspokojující odpovědi.

Ve snaze smířit rozpory mezi Biblí a filozofií se Origenes velmi spoléhal na alegorickou metodu výkladu Písma. Předpokládal, že Písmo má vždy duchovní význam, ale že nemusí mít vždy význam doslovný. Jeden učenec k tomu uvedl, že to poskytovalo Origenovi „možnost vkládat do Bible jakékoli nebiblické myšlenky, které odpovídaly jeho vlastnímu teologickému systému, přičemž tvrdil (a bezpochyby si upřímně představoval), že je mimořádně nadšeným a věrným vykladačem myšlenky obsažené v Bibli“.

Do způsobu uvažování Origena můžeme hlouběji nahlédnout prostřednictvím dopisu, který napsal jednomu ze svých žáků. Origenes poukázal na to, že náčiní pro Jehovův chrám vyrobili Izraelité z egyptského zlata. V tom spatřoval alegorickou podporu svého postupu, při němž vyučoval křesťanství s pomocí řecké filozofie. Napsal: „Jak užitečné byly pro děti Izraele věci přinesené z Egypta, předměty, které Egypťané nepoužívali správně, ale které Hebrejci, vedeni Boží moudrostí, použili pro službu Bohu.“ Origenes tedy svého žáka vybízel, aby „z filozofie Řeků vytěžil všechno, co může sloužit jako námět studia nebo jako příprava pro křesťanství“.

Tento volnomyšlenkářský přístup k výkladu Bible setřel hranici mezi křesťanským učením a řeckou filozofií. Například ve své knize nazvané De principii (O základech) Origenes napsal, že Ježíš je ‚jediným zplozeným Synem, který se narodil, ale neměl žádný počátek‘. A dodal: ‚Je plozen od věčnosti a navěky. Synem byl učiněn nikoli tím, že by obdržel dech života, nikoli nějakým vnějším činem, ale z Boží vlastní podstaty.‘

Tuto myšlenku Origenes nenašel v Bibli; Písmo totiž učí, že Jehovův jediný zplozený Syn je „prvorozeným všeho stvoření“ a ‚počátkem Božího stvoření‘. (Kolosanům 1:15; Zjevení 3:14) Církevní historik Augustus Neander vysvětluje, že k představě ‚věčného plození‘ dospěl Origenes díky svému „filozofickému vzdělání v platónské škole“. Tak Origenes porušil základní biblickou zásadu: „Nejděte nad to, co je napsáno.“ (1. Korinťanům 4:6)

Origenes smísil biblické učení s řeckou filozofií, a v jeho teologii byly tudíž rozsety chybné názory, což mělo pro křesťanstvo katastrofální důsledky. Většina Origenových nejspekulativnějších názorů sice byla později zavržena, ale jeho představy o tom, že Kristus je ‚věčně plozen‘, přispěly k založení nebiblické nauky o Trojici. V knize The Church of the First Three Centuries (Církev prvních tří století) se uvádí: „Záliba ve filozofických úvahách [jaké zavedl Origenes], neměla být jen krátkodobá.“ K čemu to vedlo? „Jednoduchost křesťanské víry byla porušena a do církve proudilo bezpočet omylů.“