Senere blev navnet mere brugt i religiøs end i etnisk eller politisk betydning. En „samaritaner“ var da et medlem af den religiøse sekt der var udbredt omkring Sikem og Samaria, og som førte en lære der på nogle punkter afveg stærkt fra jødedommen. — Joh 4:9.

Opførelsen af det samaritanske tempel på Garizims Bjerg (der måske fandt sted i det 4. årh. f.v.t.) som konkurrent til templet i Jerusalem anses af nogle for at markere den endegyldige adskillelse mellem jøderne og samaritanerne, om end nogle mener at forbindelsen mellem de to folk først blev afbrudt godt hundrede år senere. Da Jesus begyndte sin tjeneste, var bruddet mellem dem ikke blevet helet selv om templet på Garizims Bjerg var blevet ødelagt omkring 150 år forinden. (Joh 4:9)