I århundreder kæmpede fremmede om kontrollen over Albanien, og disse stridigheder medførte også religiøse konflikter. I begyndelsen af 1500-tallet bekendte nogle sig til islam, andre til den ortodokse kirke og atter andre til katolicismen.

Senere medførte regeringens politik at organiseret religion stort set blev udryddet. Efter den anden verdenskrig afskaffede det kommunistiske styre al religion og erklærede Albanien for verdens første ateistiske stat.