På flere prismer omtaler Nabonid både sig selv og sin førstefødte søn, Belsazzar, i forbindelse med bønner til måneguden. (Documents From Old Testament Times, redigeret af D. W. Thomas, 1962, s. 73) En inskription viser at han i sit tredje år, før han drog ud på det felttog der førte til erobringen af Tema i Arabien, overdrog Belsazzar kongedømmet i Babylon. Ifølge den samme tekst voldte Nabonid anstød hos sit folk ved at koncentrere sig om tilbedelsen af måneguden og ved at udeblive fra fejringen af nytåret i Babylon. Af Nabonids Krønike fremgår det at han i sit 7., 9., 10. og 11. regeringsår befandt sig i byen Tema, og i hvert enkelt tilfælde siges der: „Kongen drog ikke til Babylon til (Nyårs)måneden Nisan. Nebo drog ikke til Babylon; Bel drog ikke ud; Nyårsfesten udgik.“ (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter ved O. E. Ravn, 1934, s. 214, 215) Da teksten er beskadiget, er beretningen om de andre år ufuldstændig.

Om oasebyen Tema siges der andetsteds: „Nabonid forskønnede byen, opførte et palads(?) som det i Babylon.“ (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 222) Det lader til at Nabonid opslog sin kongelige residens i Tema, og andre tekster viser at kamelkaravaner bragte levnedsmidler dertil fra Babylonien. Uden at give afkald på stillingen som rigets konge havde han altså overladt styret i Babylon til Belsazzar. Da Tema var et knudepunkt på de gamle karavaneruter, ad hvilke der blev transporteret guld og krydderier gennem Arabien, kan Nabonids interesse for byen have været økonomisk betinget eller have skyldtes militærstrategiske overvejelser. Den formodning er også blevet fremsat at han fandt det politisk tilrådeligt at administrere Babyloniens anliggender gennem sin søn. Andre faktorer, som det sunde klima i Tema og den fremherskende månedyrkelse i Arabien, er ligeledes blevet anført som mulige årsager til at Nabonid åbenbart foretrak Tema.

Der foreligger ingen oplysninger om hvad Nabonid foretog sig mellem sit 12. og sit sidste regeringsår. Da han regnede med at mederne og perserne ville angribe under Kyros den Store, havde han sluttet forbund med Lydien og Ægypten. Ifølge Nabonids Krønike var han tilbage i Babylon det år det medo-persiske angreb fandt sted; nytårsfesten blev fejret, og de forskellige babyloniske guder blev ført ind i byen. Med hensyn til Kyros’ fremrykning fortæller Krøniken at Kyros efter en sejr ved Opis indtog byen Sippar (ca. 60 km nord for Babylon), og „Nabonid gjorde sig usynlig“, det vil sige flygtede. Derefter følger beretningen om den medo-persiske erobring af Babylon, og der siges at Nabonid blev taget til fange da han vendte tilbage. (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 215, 216) Berossos, en babylonisk præst fra det 3. århundrede f.v.t., fortæller i sine skrifter at Nabonid var draget ud for at møde Kyros i kamp, men led nederlag. Han fortæller videre at Nabonid søgte tilflugt i Borsippa (sydsydvest for Babylon), og at han efter Babylons fald overgav sig til Kyros og blev deporteret til Karmanien (i det sydlige Persien). Denne beretning stemmer med det 5. kapitel i Daniels Bog, som viser at Belsazzar fungerede som Babylons konge da byen faldt.

Med hensyn til den omstændighed at Nabonid ikke nævnes direkte i Daniels Bogs 5. kapitel, kan man tænke på at Daniel kun skildrer et fåtal af begivenheder forud for Babylons fald, og at hele verdensrigets sammenbrud er beskrevet med ganske få ord. Men der hentydes øjensynlig til Nabonids herredømme i Daniel 5:7, 16, 29, hvor Belsazzar tilbyder at gøre Daniel til den tredje hersker i riget, hvorved det er underforstået at Nabonid var den første og Belsazzar selv den anden. Professor Dougherty forklarer således: „Daniels femte kapitel kan anses for at stemme med kendsgerningerne idet Nabonid ikke er taget med i beretningen, for han synes ikke at have haft nogen andel i de begivenheder der udspillede sig da Gobryas [i spidsen for Kyros’ hær] drog ind i byen.“ Nabonidus and Belshazzar, s. 195, 196; se også s. 73, 170, 181; se Da 5:1, fdn.

Interessant er også de åbenlyse hentydninger til Belsazzar i Krøniken. Han nævnes ikke direkte ved navn, men i værket Babylonian Historical Texts: Relating to the Capture and Downfall of Babylon (London 1924, s. 100) siger Sidney Smith at det, set i lyset af senere dele af Krøniken (sp. II, linje 5, 10, 19, 23), fremgår af spalte 1, linje 8 (som tydet af Sidney Smith), at Nabonid betroede Belsazzar kongedømmet og gjorde ham til medregent. Der siges flere gange i Krøniken at ’kronprinsen var i Akkad [Babylonien]’, mens Nabonid selv var i Tema (i Arabien). At Belsazzar ikke nævnes ved navn, og at hans død ikke omtales i Nabonids Krønike, sætter imidlertid på ingen måde spørgsmålstegn ved nøjagtigheden af Daniels inspirerede bog, hvor navnet Belsazzar forekommer otte gange og hans død omtales som slutning på den detaljerede beretning om Babylons fald i kapitel 5. Kileskrifteksperter indrømmer tværtimod at Nabonids Krønike er yderst kortfattet, og som nævnt ovenfor mener de at den blev skrevet for at sætte Nabonid i et dårligt lys og ikke for at fremsætte en detaljeret historisk beretning. Som R. P. Dougherty skriver i sit værk Nabonidus and Belshazzar (s. 200): „Den bibelske beretning kan betragtes som bedre fordi den indeholder navnet Belsazzar.“ — Kursiveret af os.