Nabonid gør i sine inskriptioner krav på at være af adelsslægt. En stentavle som er fundet ved oldtidens Karan, vidner om at Nabonids moder eller bedstemoder var en hengiven dyrker af måneguden Sin. (Ancient Near Eastern Texts ved J. B. Pritchard, 1974, s. 311, 312; Babylon af Jørgen Læssøe, 1966, s. 101-103) Som konge var Nabonid selv en ivrig dyrker af måneguden, både i Karan og i Ur, hvor denne gud indtog en fremtrædende stilling. — BILLEDE, bd. 2, s. 324.

På kileskrifttavler fra Nebukadnezars ottende år (fra nisan 617 til nisan 616 f.v.t.) siges der om en mand ved navn Nabu-na’id at han „stod over byen“, og nogle historikere mener at han er identisk med den Nabonid som senere blev konge. Det ville imidlertid betyde at Nabonid var meget ung da han fik dette administrative embede, og meget gammel ved Babylons fald, ca. 77 år senere (539 f.v.t.).

Nabonid besteg tronen efter mordet på Neriglissars søn Labashi-Marduk. I en af sine indskrifter skildrer han imidlertid sig selv som den der i egentlig forstand udførte Nebukadnezars og Neriglissars, sine kongelige forgængeres, ønsker, hvorved han øjensynlig vil sige at han ikke var nogen tronraner, men havde fået magten på legal vis.

På flere prismer omtaler Nabonid både sig selv og sin førstefødte søn, Belsazzar, i forbindelse med bønner til måneguden. (Documents From Old Testament Times, redigeret af D. W. Thomas, 1962, s. 73) En inskription viser at han i sit tredje år, før han drog ud på det felttog der førte til erobringen af Tema i Arabien, overdrog Belsazzar kongedømmet i Babylon. Ifølge den samme tekst voldte Nabonid anstød hos sit folk ved at koncentrere sig om tilbedelsen af måneguden og ved at udeblive fra fejringen af nytåret i Babylon. Af Nabonids Krønike fremgår det at han i sit 7., 9., 10. og 11. regeringsår befandt sig i byen Tema, og i hvert enkelt tilfælde siges der: „Kongen drog ikke til Babylon til (Nyårs)måneden Nisan. Nebo drog ikke til Babylon; Bel drog ikke ud; Nyårsfesten udgik.“ (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter ved O. E. Ravn, 1934, s. 214, 215) Da teksten er beskadiget, er beretningen om de andre år ufuldstændig.

Om oasebyen Tema siges der andetsteds: „Nabonid forskønnede byen, opførte et palads(?) som det i Babylon.“ (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 222) Det lader til at Nabonid opslog sin kongelige residens i Tema, og andre tekster viser at kamelkaravaner bragte levnedsmidler dertil fra Babylonien. Uden at give afkald på stillingen som rigets konge havde han altså overladt styret i Babylon til Belsazzar. Da Tema var et knudepunkt på de gamle karavaneruter, ad hvilke der blev transporteret guld og krydderier gennem Arabien, kan Nabonids interesse for byen have været økonomisk betinget eller have skyldtes militærstrategiske overvejelser. Den formodning er også blevet fremsat at han fandt det politisk tilrådeligt at administrere Babyloniens anliggender gennem sin søn. Andre faktorer, som det sunde klima i Tema og den fremherskende månedyrkelse i Arabien, er ligeledes blevet anført som mulige årsager til at Nabonid åbenbart foretrak Tema.

Der foreligger ingen oplysninger om hvad Nabonid foretog sig mellem sit 12. og sit sidste regeringsår. Da han regnede med at mederne og perserne ville angribe under Kyros den Store, havde han sluttet forbund med Lydien og Ægypten. Ifølge Nabonids Krønike var han tilbage i Babylon det år det medo-persiske angreb fandt sted; nytårsfesten blev fejret, og de forskellige babyloniske guder blev ført ind i byen. Med hensyn til Kyros’ fremrykning fortæller Krøniken at Kyros efter en sejr ved Opis indtog byen Sippar (ca. 60 km nord for Babylon), og „Nabonid gjorde sig usynlig“, det vil sige flygtede. Derefter følger beretningen om den medo-persiske erobring af Babylon, og der siges at Nabonid blev taget til fange da han vendte tilbage. (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 215, 216)