Han var ivrig efter at gøre dét for den latinske bibel som man allerede havde gjort for de latinske klassikere, og tog derfor fat på at rekonstruere Hieronymus’ bibeltekst, den oprindelige Vulgata fra det femte århundrede, så godt det lod sig gøre.

En forbedret Vulgata-udgave

Hieronymus havde oversat fra Bibelens grundsprog, hebraisk og græsk, men på Estiennes tid havde Vulgata været fremme i cirka tusind år, og ved de efterhånden mange afskrivninger af den havde der indsneget sig talrige fejl og ukorrekte gengivelser. I middelalderen var Bibelens guddommeligt inspirerede ordlyd desuden blevet fordunklet af legender, omskrivninger og indføjede uægte passager. De var i så høj grad blevet sammenblandet med bibelteksten at de så småt blev godtaget som inspirerede bibelord.

For at udrense alt uægte benyttede Estienne samme tekstkritiske metode som man anvendte ved studiet af den klassiske litteratur. Han fandt frem til de ældste og bedste håndskrifter der kunne opdrives. I bibliotekerne i og omkring Paris og i byer som Évreux og Soissons opdagede han adskillige gamle håndskrifter, hvoraf ét tilsyneladende stammede fra det sjette århundrede. Estienne sammenholdt omhyggeligt de forskellige latinske tekster afsnit for afsnit, og udvalgte dem der forekom mest troværdige. I 1528 kunne han udgive sin bibeloversættelse, som repræsenterede et betydningsfuldt fremskridt hen imod en nøjagtig bibeltekst. Han fortsatte med at udgive forbedrede versioner. Før hans tid havde andre bundet an med at rette Vulgata-Bibelen, men hans udgave var den første der var forsynet med et anvendeligt kritisk noteapparat. I margenen angav han hvor han havde udeladt visse passager af tvivlsom oprindelse, samt hvor der fandtes alternative læsemåder. Han henviste også til de håndskriftkilder der begrundede rettelserne.

Estienne indførte mange andre nyskabelser. Han satte skel mellem apokryferne og Guds ord. Han anbragte Apostelgerninger mellem evangelierne og Paulus’ breve, og forsynede de enkelte sider med stikord øverst, så man let kunne stedfæste bestemte passager. Det er det tidligste eksempel på det vi i dag kalder kolumnetitler. Estienne trykte heller ikke med de bastante gotiske bogstaver, men var en af de første til at trykke hele Bibelen med de slankere, letlæselige antikva-typer, der stadig er udbredte. Han anførte desuden mange krydshenvisninger og sproglige noter der tydeliggjorde visse afsnit.

Mange adelige og højtstående gejstlige satte pris på Estiennes bibeludgave, da den overgik alle andre udgaver af Vulgata. Den satte nye normer for smukt, brugsvenligt boghåndværk og blev snart et mønster i hele Europa.

Censorerne ved Sorbonne bekæmpede alle tekstkritiske udgaver og alle oversættelser af Vulgata til folkesprog, idet man mente at den slags ’ikke kun var unyttigt for kirken, men ligefrem skadeligt’. Dette kunne ikke overraske på et tidspunkt da reformatorerne såede tvivl om de kirkelige doktriner, ceremonier og traditioner der savnede bibelsk belæg. Mange af Sorbonnes teologer satte imidlertid kirkens hæderkronede lærepunkter over den nøjagtige forståelse af Bibelen. Én teolog udtalte: „Når læren én gang har vundet hævd, er Skrifterne som det stillads der fjernes efter at muren er opført.“ Kun få på fakultetet kunne hebraisk og græsk, men foragtede alligevel Estienne og andre renæssancelærde som granskede Bibelens ords grundbetydning. Én Sorbonne-professor vovede endda den påstand at „det at udbrede kendskabet til græsk og hebraisk vil medvirke til at udslette al religion“.

Sorbonne går til angreb

Fakultetets censorer havde ladet Estiennes tidlige udgaver af Vulgata passere, men ikke uden sværdslag. I det 13. århundrede var Vulgata blevet ophøjet til universitetets officielle bibel, og mange anså dens tekst for ufejlbar. Fakultetet havde fordømt endog den agtede bibelforsker Erasmus af Rotterdam for hans bearbejdning af Vulgata. At en lokal lægmand og trykker havde den dristighed at rette i den officielle tekst fandt nogle foruroligende.

Måske var det frem for alt Estiennes marginalnoter der ængstede teologerne. Noterne rejste tvivl om Vulgata-tekstens ægthed. Estiennes ønske om at tydeliggøre visse passager påførte ham en anklage for at trænge ind på teologernes domæne. Den gendrev han med henvisning til at hans noter blot var korte sammendrag eller sprogvidenskabelige noter. For eksempel oplyste han i en note til Første Mosebog 37:35, at det latinske ord „infernum“ ikke kunne betegne et pinested for de onde. Sorbonne anklagede ham for at fornægte læren om sjælens udødelighed og „helgenernes“ magt til at gå i forbøn for menneskene.

Estienne nød imidlertid kongens gunst og beskyttelse. Frans I fordybede sig ivrigt i renæssancelitteraturen, især sin hofbogtrykkers værker. Han skal endog have aflagt besøg hos Estienne og ved en lejlighed ventet tålmodigt mens denne gjorde sidste korrektur færdig til en tekst. Skærmet af kongen holdt Estienne stand mod Sorbonne.

Teologerne forbyder hans bibler

Begivenhederne udviklede sig sådan at Estienne i 1545 fik Sorbonnes intense had at føle. De katolske universiteter i Louvain (Belgien), Köln og Paris havde set en fordel i at danne fælles front mod reformationen, og var blevet enige om sammen at øve censur mod uortodoks lære. Da teologerne i Louvain skrev til Sorbonne og udtrykte deres forundring over at Estiennes bibler ikke var sat på Sorbonnes forbudsliste, lød det urigtige svar at det havde de været hvis man havde haft lejlighed til at se dem. Estiennes fjender på Sorbonne følte sig nu sikre på at deres og Louvains autoritet i forening ville kunne overbevise Frans I om at hans trykker var vildfaren.

Men Estienne var blevet underrettet om sine fjenders planer og kom dem i forkøbet hos kongen med et forslag om at teologerne skulle fremlægge en fortegnelse over fejl de mente at have fundet. Han erklærede sig villig til at trykke teologernes rettelser og tage dem med i hver eneste bibel han solgte. Kongen bifaldt forslaget og satte en betroet hofmand, Pierre du Chastel, på sagen. I oktober 1546 protesterede fakultetet skriftligt til du Chastel og hævdede at Estiennes bibler var „føde for dem der fornægter vor tro og støtter tidens . . . kætterier“. De påstod også at biblerne var så fejlbehæftede at de fortjente „at blive helt og aldeles tilintetgjort og udryddet“. Kongen var dog ikke overbevist, men afkrævede personligt fakultetet en rettelsesliste for at den kunne blive trykt sammen med Estiennes bibler. Teologerne indvilligede, men forsøgte med alle midler at knibe uden om at udarbejde en detaljeret liste over formodede fejl.

I marts 1547 døde Frans I og med ham Estiennes mægtigste forbundsfælle mod det magtfulde Sorbonne. Da den nye konge, Henrik II, besteg tronen, gentog han sin faders befaling om at fakultetet skulle offentliggøre sine indsigelser. Men da han iagttog hvordan de tyske fyrster udnyttede reformationen i politisk øjemed, betød fordelene og ulemperne ved hofbogtrykkerens bibler mindre for ham end dét at bevare Frankrig katolsk og samlet under hans herredømme. Den 10. december 1547 afgjorde kongens gehejmeråd at salget af Estiennes bibler skulle indstilles indtil teologerne havde fremlagt deres kritikpunkter.

Atter befalede kongen at fakultetet forelagde gehejmerådet kritikken. Det vrangvillige svar lød at ’teologerne ikke var i vane med skriftligt at begrunde hvorfor de fordømte noget som kættersk, men kun svarede med det talte ord, som man måtte nære tiltro til; ellers ville skriverierne ingen ende tage’. Henrik lod sig nøje med dette og udstedte det endegyldige forbud. Næsten samtlige bibelværker af Estienne blev forbudt. Han undgik bålet på Maubert-pladsen, men totalforbudet mod hans bibler og udsigten til fortsat chikane fik ham til at sige Frankrig farvel.

Bogtrykker i eksil

I november 1550 flyttede Estienne til Genève i Schweiz. Hjemme i Frankrig havde Sorbonne udvirket et forbud mod at udgive andre bibler end Vulgata. Estienne gjorde brug af sin nyvundne trykkefrihed til i 1551 at genoptrykke sit græske „Nye Testamente“ med to latinske versioner (Vulgata og Erasmus’) i parallelle spalter. I 1552 fulgte en fransk oversættelse af De Græske Skrifter med Erasmus’ latinske version som paralleltekst. I disse to udgaver introducerede Estienne sin opdeling af bibelteksten i nummererede vers — et system som er almindeligt udbredt den dag i dag. Andre havde før ham forsøgt sig med versinddelinger, men Estiennes slog an. Hans franske bibel fra 1553 var den første komplette bibel med hans versinddeling.

Estiennes latinske bibel fra 1557 (i to versioner) er også bemærkelsesværdig ved sin brug af Guds egennavn, Jehova, overalt i De Hebraiske Skrifter. I margenen ud for Salme 2 skrev han at det udelukkende skyldtes jødisk overtro at man havde erstattet det hebraiske tetragram (יהוה) med ’Adhonajʹ, en overtro man burde se bort fra. I sin udgave kursiverede han de latinske ord som han indføjede for at give det hebraiske mening. Denne skik blev fulgt i senere bibler, noget der ofte har forvirret nutidige læsere, der er vant til at kursivering benyttes til at fremhæve ord.