Ikke alene på grund af den frodige plantevækst, men også på grund af stedets utilgængelighed var En-Gedi et ideelt skjulested for David da han var på flugt for kong Saul. Bibelen taler således om „bjergfæstningerne ved En-Gedi“. (1Sa 23:29) Nutidige besøgende bekræfter at En-Gedi med sine farefulde, stejle klippestier mange steder har naturligt forekommende fæstninger.

Klipperne ved En-Gedi er rige på rummelige huler. Det var måske i en af disse at David og hans mænd skjulte sig. (1Sa 24:3) Nogle mener at de „fårefolde med stengærder“ som Saul standsede op ved, kan have været sådanne huler foran hvilke der var bygget en rå stenmur som læ mod vejr og vind. — 1Sa 24:2-10.