Det særlige venskab mellem Jonatan og David opstod kort efter at David havde dræbt Goliat. Denne frygtløse handling til forsvar for Jehovas folk må have gjort et stærkt indtryk på Jonatan. Da han hørte Davids beretning om denne dåd, ’blev hans sjæl knyttet til Davids sjæl, og han elskede ham som sin egen sjæl’. (1Sa 18:1) De to modige krigere og hengivne Guds tjenere sluttede en venskabspagt. (1Sa 18:3) Jonatan kunne se at David havde Guds ånd. Han betragtede ham ikke skinsygt som en rival, sådan som Saul gjorde, men respekterede Guds handlemåde og satte derved et godt eksempel for sin yngre ven. I stedet for at efterkomme Sauls ordre om at dræbe David advarede han ham og forsøgte at gå i forbøn for ham. Da David blev tvunget til at flygte, gik Jonatan ud for at møde ham og indgik en pagt med ham om at David ville beskytte ham og hans hus. — 1Sa 19:1–20:17.

Jonatan talte igen med Saul om David, og denne gang havde det nær kostet ham livet, for i et raserianfald slyngede Saul et spyd mod sin egen søn. Efter aftale mødtes Jonatan og David på en mark hvor kongens søn var gået ud under påskud af at skulle øve sig i bueskydning. (1Sa 20:24-40) De to venner bekræftede endnu en gang deres dybe venskab og ’kyssede hinanden og græd over hinanden’, en skik som andre mænd også fulgte i bibelsk tid, og som findes i nogle lande den dag i dag. (1Sa 20:41; 1Mo 29:13; 45:15; Apg 20:37) Det sidste møde mellem Jonatan og David fandt sted i Horesj, hvor Jonatan opsøgte ham for at ’styrke hans hånd ved Gud’, hvorpå de fornyede deres pagt. — 1Sa 23:16-18.

Der er intet i Bibelen som tyder på at Jonatan deltog i sin faders eftersøgning af David. Men i kampen mod Guds fjender, filistrene, kæmpede Jonatan til døden; han døde samme dag som to af sine brødre og sin fader. Filistrene hængte ligene op på Bet-Sjans mur, men brave mænd fra Jabesj i Gilead tog dem ned og begravede dem i Jabesj. Senere flyttede David Sauls og Jonatans knogler til Zela i Benjamins land. (1Sa 31:1-13; 2Sa 21:12-14; 1Kr 10:1-12) David sørgede dybt over sin nære vens død og sang en klagesang med titlen „Buen“ over Saul og Jonatan. (2Sa 1:17-27) Efter at David var blevet konge, tog han sig særligt af Jonatans vanføre søn, Mefibosjet, som var fem år gammel da faderen døde. Han fik til sidst sin faste plads ved kongens bord. (2Sa 4:4; 9:10-13)

Saul har uden tvivl holdt særligt af ham på grund af hans mandige egenskaber. Det er tydeligt at de stod hinanden meget nær. (1Sa 20:2) Men deres forhold overskyggede ikke Jonatans nidkærhed for Gud og hans loyalitet mod sin ven David.