Hvad har forskningen vist? I 1999 skrev biologen Malcolm S. Gordon: „Livet synes at have mange oprindelser. Det universelle livets træ synes at have haft mere end en enkelt rod.“ Er der vidnesbyrd om at alle livets hovedgrene er forbundet til en enkelt stamme, som Darwin troede? Malcolm S. Gordon fortsætter: „Den traditionelle version af teorien om en fælles afstamning gælder tilsyneladende ikke rigerne som de forstås i dag. Den gælder måske ikke mange rækker, om overhovedet nogen, og måske heller ikke mange af klasserne inden for rækkerne.“²⁹a

Forskningen i de senere år modsiger fortsat Darwins teori om en fælles afstamning. I en artikel i New Scientist i 2009 er evolutionsforskeren Eric Bapteste for eksempel blevet citeret for at have sagt: „Vi har overhovedet ingen beviser for at livets træ er en kendsgerning.“³⁰ Den samme artikel citerer evolutionsbiologen Michael Rose. Han siger: „Livets træ er pænt og ordentligt ved at blive begravet, det er vi alle klar over. Hvad der er mindre anerkendt, er at hele vores grundlæggende opfattelse af biologien trænger til at blive revideret.“³¹b

For eksempel har evolutionsbiologen Stuart Newman i et interview i 2008 peget på at der er brug for en evolutionsteori som kan forklare hvorfor nye livsformer opstod pludseligt. Han siger: „Jeg tror at betydningen af den darwinistiske mekanisme som man bruger til at forklare al evolutionsmæssig forandring, vil blive degraderet til blot at være én af flere mekanismer — og måske tilmed ikke den vigtigste når det drejer sig om at forstå makroevolution, udviklingen af de store forandringer hvad angår legemsbygning.“³³

Om de lange perioder der adskiller mange af disse fossiler, siger zoologen Henry Gee: „De tidsintervaller der adskiller fossilerne, er så enorme at vi ikke kan sige noget afgjort om hvorvidt de er indbyrdes beslægtede.“³⁴c

Biologen Malcolm S. Gordon siger om de fossiler af fisk og padder man har fundet, at de kun udgør et lille, „måske slet ikke repræsentativt, udsnit af biodiversiteten i disse grupper dengang“. Han siger videre: „Det er umuligt at vide noget om i hvilken udstrækning disse organismer spillede en rolle i den senere udvikling, hvis de overhovedet gjorde det, eller hvordan de eventuelt har været beslægtet.“³⁵d

David M. Raup, en palæontolog der er tilhænger af evolutionslæren, siger: „Geologer på Darwins tid og i dag har i stedet for at finde vidnesbyrd om at livet har udviklet sig gradvis, fundet fossiler der optræder uregelmæssigt og i ryk — det vil sige at arterne viser sig meget pludseligt og kun ændrer sig ganske lidt eller slet ikke i den tid de optræder i fossilmaterialet, hvorefter de med ét forsvinder fra fossilmaterialet.“³²