Inkvisitionens rødder går tilbage til det 11. og 12. århundrede, da forskellige anderledes tænkende grupper begyndte at spire frem i det katolske Europa. Oprindelig blev inkvisitionen iværksat af pave Lucius III ved synoden i Verona i 1184. I samarbejde med kejseren af Det hellige romerske Rige, Friderich I Barbarossa, traf han bestemmelse om at enhver der talte eller blot tænkte i modstrid med den katolske lære, skulle udelukkes af kirken og straffes på behørig vis af de verdslige myndigheder. Det blev pålagt biskopperne at eftersøge (latin: inquirere) kættere. Dette var begyndelsen til den episkopale eller biskoppelige inkvisition, hvilket vil sige at inkvisitionen var underlagt de katolske biskoppers myndighed.

I en periode var der således to sideløbende inkvisitioner, den biskoppelige og den pavelige inkvisition, hvoraf den sidste var den værste.