WHISTON er også kendt, især blandt bibelkyndige, for sin engelske oversættelse af værker af den jødiske historiker Flavius Josefus, der levede i det første århundrede. The Works of Josephus kaster stort lys over jødernes historie og de første kristnes verden.

For at bidrage til forståelsen af den historiske ramme for den tidlige kristendom udgav han i 1737 sin oversættelse af Josefus’ skrifter. Den har kunnet fås på tryk lige siden.