Under hans bror Alexander Jannæus, som regerede fra 103-76 f.v.t., nåede det hasmonæiske dynasti magtens tinde.

Alexander Jannæus brød med den politik man hidtil havde fulgt, og udråbte sig selv til både ypperstepræst og konge. Konflikten mellem hasmonæerne og farisæerne tilspidsedes og førte til en borgerkrig der kostede 50.000 jøder livet. Da oprøret var blevet kæmpet ned, fulgte Alexander Jannæus en fremgangsmåde som mindede om de hedenske kongers. Han lod 800 af oprørerne pælfæste, og lige før de døde, lod han deres hustruer og børn nedslagte for øjnene af dem, mens han selv åbenlyst festede med sine medhustruer.b

Trods sit fjendtlige forhold til farisæerne var Alexander Jannæus en realistisk politiker. Han lagde mærke til at farisæernes støtte i befolkningen voksede. På sit dødsleje gav han sin hustru, Salome Alexandra, besked på at dele magten med dem. Alexander Jannæus havde valgt hende som sin efterfølger på tronen frem for sine sønner.