Johannes Hyrkan, endnu en søn af Simon, blev advaret om at man stræbte ham efter livet. Han pågreb sine potentielle mordere og overtog styret og embedet som ypperstepræst efter sin far.

Yderligere ekspansion og undertrykkelse

I begyndelsen stod Johannes Hyrkan over for alvorlige trusler fra de syriske hærstyrkers side, men i 129 f.v.t. tabte det seleukidiske dynasti et afgørende slag mod partherne. Den jødiske forsker Menahem Stern skrev om den virkning krigen fik på seleukiderne: „Hele rigets struktur brød i realiteten sammen.“ Johannes Hyrkan kunne af den grund „fuldt ud genvinde Judæas politiske uafhængighed og begynde at udvide sine besiddelser i forskellige retninger“. Og det gjorde han i allerhøjeste grad.

Nu hvor han ikke længere var truet af Syrien, begyndte Johannes Hyrkan at invadere og underlægge sig områder uden for Judæa. Hvis indbyggerne ikke konverterede til jødedommen, blev deres byer udslettet. Et af disse felttog var rettet mod idumæerne (edomitterne). Om denne færd sagde Menahem Stern: „Omvendelsen af idumæerne var den første af sin art eftersom den ikke blot omfattede nogle få, men en hel slægt.“ Samaria var blandt de områder der blev erobret, og Johannes Hyrkan jævnede det samaritanske tempel på Garizims Bjerg med jorden. Historikeren Solomon Grayzel har beskrevet det ironiske i at det hasmonæiske dynasti gjorde brug af tvangsomvendelse: „Vi har her en sønnesøn af Mattatias [Judas Makkabæers far] som krænker det selv samme princip — princippet om religionsfrihed — som tidligere slægtled så ædelt havde forsvaret.“

Farisæerne og saddukæerne dukker op

Første gang Josefus beretter om farisæernes og saddukæernes voksende indflydelse, er i forbindelse med hans beskrivelse af Johannes Hyrkans regeringstid.

Josefus fortæller at Johannes Hyrkan i begyndelsen var discipel af farisæerne og støttede dem. Men på et tidspunkt irettesatte farisæerne ham fordi han ikke ville opgive embedet som ypperstepræst. Det førte til et dramatisk brud. Johannes Hyrkan forbød farisæernes religiøse vedtægter. Som en yderligere straf sluttede han sig til deres religiøse modstandere, saddukæerne.