Da Barnabas og Saulus (Paulus) havde gennemført hjælpetjenesten i Jerusalem, „vendte de tilbage og tog Johannes, der havde tilnavnet Markus, med sig“. Det ser ud til at Markus var med som en slags tjener der skulle sørge for det praktiske på rejsen. (Apg 12:25; 13:5) Men da de kom til Perge i Pamfylien, forlod Johannes Markus dem af en eller anden grund og „vendte tilbage til Jerusalem“. (Apg 13:13) Da Paulus senere skulle ud på sin anden missionsrejse, åbenbart ledsaget af Barnabas, ville Barnabas have Markus med, men „Paulus syntes ikke det var rigtigt at tage ham med, i betragtning af at han havde forladt dem i Pamfylien og ikke var gået med dem til arbejdet“. Det kom til „et skarpt opgør“, og de skiltes. Barnabas tog Markus med og sejlede til Cypern, mens Paulus udvalgte Silas og tog ham med til Syrien og Kilikien. — Apg 15:36-41.

Markus var fætter til Barnabas, som han rejste sammen med. Han ledsagede også andre kristne missionærer på den tid,