Da han regnede med at mederne og perserne ville angribe under Kyros den Store, havde han sluttet forbund med Lydien og Ægypten. Ifølge Nabonids Krønike var han tilbage i Babylon det år det medo-persiske angreb fandt sted; nytårsfesten blev fejret, og de forskellige babyloniske guder blev ført ind i byen. Med hensyn til Kyros’ fremrykning fortæller Krøniken at Kyros efter en sejr ved Opis indtog byen Sippar (ca. 60 km nord for Babylon), og „Nabonid gjorde sig usynlig“, det vil sige flygtede. Derefter følger beretningen om den medo-persiske erobring af Babylon, og der siges at Nabonid blev taget til fange da han vendte tilbage. (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 215, 216) Berossos, en babylonisk præst fra det 3. århundrede f.v.t., fortæller i sine skrifter at Nabonid var draget ud for at møde Kyros i kamp, men led nederlag. Han fortæller videre at Nabonid søgte tilflugt i Borsippa (sydsydvest for Babylon), og at han efter Babylons fald overgav sig til Kyros og blev deporteret til Karmanien (i det sydlige Persien). Denne beretning stemmer med det 5. kapitel i Daniels Bog, som viser at Belsazzar fungerede som Babylons konge da byen faldt.

Ifølge Nabonids Krønike var han tilbage i Babylon det år det medo-persiske angreb fandt sted; nytårsfesten blev fejret, og de forskellige babyloniske guder blev ført ind i byen. Med hensyn til Kyros’ fremrykning fortæller Krøniken at Kyros efter en sejr ved Opis indtog byen Sippar (ca. 60 km nord for Babylon), og „Nabonid gjorde sig usynlig“, det vil sige flygtede. Derefter følger beretningen om den medo-persiske erobring af Babylon, og der siges at Nabonid blev taget til fange da han vendte tilbage. (Babylonske og Assyriske Kongers Historiske Indskrifter, s. 215, 216)