Josefus nævner endnu et tilfælde. Til at bygge en ca. 40 km lang vandledning der skulle føre vand til Jerusalem, anvendte Pilatus penge fra tempelkassen. Store menneskemængder protesterede højlydt imod dette da Pilatus besøgte byen. Han sendte forklædte soldater ind i folkemængden, og på et aftalt tegn begyndte de at gå til angreb på folk, hvorved mange jøder blev såret eller dræbt. (Jewish Antiquities, XVIII, 60-62 [iii, 2]; Den jødiske krig, 2. bog, 9. kap., 4. afsnit) Projektet blev øjensynlig fuldført. Det antages almindeligvis at det var i forbindelse med denne konflikt at Pilatus ’blandede galilæeres blod med deres slagtofre’, som der siges i Lukas 13:1. Efter dette udtryk at dømme blev disse galilæere slået ihjel på selve tempelområdet. Man kan ikke med bestemthed sige om denne hændelse har tilknytning til det Josefus beskriver, eller om det drejer sig om en anden begivenhed. Men eftersom galilæerne var undersåtter under Herodes Antipas, der var landsdelshersker i Galilæa, kan denne massakre have været medvirkende til det fjendskab der herskede mellem Pilatus og Herodes helt frem til forhøret af Jesus. — Lu 23:6-12.

Ifølge den jødiske historiker Josefus fik Pilatus’ forhold til jøderne en dårlig start fordi han ved nattetid sendte romerske soldater med felttegn som bar kejserens billede, ind i Jerusalem. Denne handling vakte stor uvilje. En delegation af jøder tog til Cæsarea for at protestere mod tilstedeværelsen af felttegnene og forlange at de blev fjernet. Efter fem dages forhandlinger søgte Pilatus at skræmme de fremmødte jøder ved at true dem med at de ville blive henrettet af hans soldater, men da de var fast besluttede på ikke at give efter, imødekom han deres anmodning. — Jewish Antiquities, XVIII, 55-59 (iii, 1).

Josefus beretter at Pilatus senere blev afsat fra sit embede på grund af klager som samaritanerne indgav til hans nærmeste overordnede, Vitellius, der var landshøvding i Syrien. De klagede over at Pilatus havde dræbt nogle samaritanere som af en bedrager var blevet forledt til at samles på Garizims Bjerg i håb om at afdække nogle hellige skatte som Moses skulle have skjult der. Vitellius befalede Pilatus at give møde for Tiberius og indsatte Marcellus i hans sted. Tiberius døde i år 37 e.v.t. mens Pilatus var på vej til Rom. (Jewish Antiquities, XVIII, 85-87 [iv, 1]; XVIII, 88, 89 [iv, 2])