Anabaptisterne blev først fremtrædende omkring 1525, i Zürich i Schweiz. Fra denne by bredte deres lære sig hurtigt til store dele af Europa. Reformationen i begyndelsen af det 16. århundrede havde medført visse forandringer, men i anabaptisternes øjne var der ikke sket nok.

På grund af deres ønske om at vende tilbage til det første århundredes kristne lære, afviste de flere katolske dogmer end Martin Luther og andre reformatorer gjorde.

Ligesom de første kristne blev anabaptisterne misforstået og beskyldt for at forstyrre den bestående samfundsorden og ’vende op og ned på den beboede jord’. (Apostelgerninger 17:6) I Zürich i Schweiz var myndighederne, der stod i ledtog med reformatoren Ulrich Zwingli, især uenige med anabaptisterne i spørgsmålet om barnedåb. I 1527 sørgede de for at Felix Manz, en af anabaptisternes ledere, brutalt blev druknet, og de forfulgte de schweiziske anabaptister så skånselsløst at disse næsten blev udslettet.

Også i Tyskland blev anabaptisterne stærkt forfulgt af både katolikker og protestanter. Et kejserligt dekret der blev udstedt i 1528, idømte enhver der blev anabaptist dødsstraf — uden nogen form for rettergang. Forfølgelsen i Østrig fik de fleste anabaptister i dette land til at flygte til Mähren, Böhmen og Polen, og senere til Ungarn og Rusland.