Hvad De Hebraiske Skrifter angik, var det Hieronymus’ hensigt at bygge sit værk på Septuaginta. Denne græske oversættelse af De Hebraiske Skrifter, der var blevet oversat i det tredje århundrede før vor tidsregning, blev af mange betragtet som direkte inspireret af Gud. Septuaginta var derfor meget udbredt blandt datidens græsktalende kristne.

Men efterhånden som Hieronymus’ oversættelsesarbejde skred frem, opdagede han indbyrdes uoverensstemmelser mellem de græske håndskrifter, sådan som det også havde været tilfældet med de latinske håndskrifter. Hieronymus blev mere og mere frustreret. Til sidst nåede han til den konklusion at han, for at lave en pålidelig oversættelse, måtte lade være med at bruge de græske håndskrifter, deriblandt den højt agtede Septuaginta-oversættelse, og i stedet oversætte direkte fra den hebraiske grundtekst.

Denne beslutning rejste et ramaskrig. Nogle stemplede Hieronymus som en tekstforfalsker og gudsbespotter der af hensyn til jøderne forlod kirkens tradition. Selv Augustin, kirkens førende teolog, bønfaldt Hieronymus om at vende tilbage til Septuaginta-teksten og sagde: „Hvis din oversættelse på et tidspunkt bliver almindeligt brugt i mange kirker, vil det være forfærdeligt hvis der skulle opstå uoverensstemmelser mellem de latinske kirker og de græske kirker når de læser fra Bibelen.“

Augustin frygtede altså at kirken ville blive splittet hvis de vestlige kirker brugte Hieronymus’ latinske oversættelse, der byggede på den hebraiske tekst, mens de græske kirker i øst stadig brugte Septuaginta-oversættelsen.b Augustin nærede desuden betænkeligheder ved at man tilsidesatte Septuaginta til fordel for en oversættelse som kun Hieronymus kunne forsvare.

Septuaginta den dag i dag bruges i den østlige del.