Boerne var calvinister fra den nederlandsk-reformerte kirke. De læste ofte i Bibelen, men mente alligevel at de var de sorte overlegne — og mange troede ligefrem at der hvilede en forbandelse fra Gud over de sorte.

Kirken støtter apartheid

Det foruroligede mange hvide at der i løbet af det 19. århundrede blev omvendt flere og flere sorte og farvede. En kirkesynode traf derfor en historisk afgørelse i 1857: „På grund af nogle [hvides] svaghed . . . vil menigheden adskilt fra hedningerne [de ikke-hvide] . . . nyde sine kristne privilegier i en særskilt bygning eller institution.“ Kirken gav altså sin tilslutning til raceadskillelsen.

Splittelsen greb mere og mere om sig. I dag er der særskilte nederlandsk-reformerte kirker for hvide, sorte, farvede og indere.

Splittelserne inden for kirkerne øger forvirringen. Blandt de forskellige grene af den nederlandsk-reformerte kirke høres der nu megen kritik af apartheidpolitikken. Mange præster, både sorte og hvide, har fordømt den. Western Cape-synoden erklærede i oktober 1983 at racediskrimination er „syndigt“ og at kirken fra da af skulle være åben for folk af alle racer.

Den 29. august 1985 udtrykte et regionalråd af den nederlandsk-reformerte kirke, kirkerådet i Stellenbosch, en officiel anerkendelse af at racediskrimination „strider mod de bibelske principper om næstekærlighed og retfærdighed“ og at apartheid har „ført til sorg for menneskene“.