Kun cirka et halvt år efter at Jesus har indledt sin jordiske tjeneste, forstår Nikodemus at Jesus „som lærer er kommet fra Gud“. De mirakler Jesus for nylig har gjort i Jerusalem under fejringen af påsken i år 30, har gjort et dybt indtryk på Nikodemus, og han opsøger derfor Jesus i ly af mørket for at bekende sin tro på ham og for at få mere at vide om denne lærer. Ved den lejlighed fortæller Jesus Nikodemus en dyb sandhed om at det er nødvendigt at man „fødes igen“ for at komme ind i Guds rige. Det er også på dette tidspunkt at Jesus siger: „Gud elskede verden så meget at han gav sin enestefødte søn, for at enhver som tror på ham, ikke skal gå til grunde men have evigt liv.“ — Johannes 3:1-16.

Nikodemus får her en fantastisk mulighed stillet i udsigt! Han kan blive Jesu nære medarbejder og med egne øjne se hvordan Jesu liv på jorden former sig. Som jødisk lærer og leder har Nikodemus en omfattende kundskab om Guds ord. Han har også indsigt, for ellers ville han ikke have forstået at Jesus var sendt af Gud. Nikodemus er interesseret i åndelige emner, og han er usædvanlig ydmyg. Det må være svært for et medlem af jødernes øverste domstol at erkende at en simpel søn af en tømrer var udsendt af Gud! Alle disse egenskaber har meget stor betydning for om et menneske bliver en discipel af Jesus.

For det første nævner Johannes at Nikodemus „kom til [Jesus] om natten“. (Johannes 3:2) En bibelforsker har fremsat denne teori: „Nikodemus kom om natten, ikke på grund af frygt, men for at undgå at folkeskarerne afbrød hans samtale med Jesus.“ I samme passage hvor Johannes omtaler Nikodemus som „den mand som første gang var kommet til [Jesus] om natten“, omtaler han imidlertid også Josef fra Arimatæa som „en discipel af Jesus, men i det skjulte af frygt for jøderne“. (Johannes 19:38, 39) Det er derfor sandsynligt at Nikodemus opsøgte Jesus i ly af mørket på grund af „frygten for jøderne“. Andre på hans tid var også bange for at have noget med Jesus at gøre. — Johannes 7:13.