Nach der Überlieferung sah Muhammad die Entstehung von 72 häretischen Sekten des Islam vorher. Aber heute spricht man von mehreren hundert Sekten.

Die beiden Hauptrichtungen sind die Schiiten und die Sunniten. In beiden gibt es jedoch zahlreiche Untergruppen. Von 100 Muslimen sind 83 Sunniten und 15 Schiiten. Die übrigen gehören so unterschiedlichen Sekten an wie den Drusen, den Black Muslims und den synkretistischen Muslimen Indonesiens, die den Islam mit dem Buddhismus, dem Hinduismus und einheimischen Religionen vermischen.

Der Sufismus zum Beispiel, die abendländische Bezeichnung für die islamische Mystik, kam im 8. und 9. Jahrhundert auf und entwickelte sich rasch zu einer religiösen Massenbewegung. Im 12. Jahrhundert waren Orden oder Bruderschaften der Sufis weit verbreitet. Das Kloster der Sufis übertraf fast die Moschee an Bedeutung. Zu den Übungen des Sufismus gehören die Selbsthypnose, die durch Konzentrationstechniken oder wilde Tänze erreicht wird, das Hersagen von Gebetsformeln, der Glaube an Wunder und die Heiligenverehrung.

Die Sufis haben regionale Bräuche und Glaubensansichten übernommen. Die Türken haben ihre Schamanenbräuche beibehalten, die Afrikaner ihre Medizinmänner, die Inder ihre hinduistischen und vorhinduistischen Heiligen und Gottheiten und die Indonesier — wie es die New Encyclopædia Britannica ausdrückt — ihre „vorislamische Weltanschauung unter einem Überzug aus islamischen Bräuchen“.

Eine bekannte religiöse Bewegung in jüngerer Zeit ist der Bahaismus, der sich Mitte des 19. Jahrhunderts im Iran aus dem schiitischen Islam entwickelte. Eine andere ist die sunnitische Ahmadīya-Bewegung, die Ende des 19. Jahrhunderts in Indien aufkam, als Mirza Ghulam Ahmad, ein selbsternannter Prophet, vorgab, eine Verkörperung Muhammads, der wiedergekommene Jesus und eine Inkarnation des hinduistischen Krischna zu sein. Er lehrte, daß Jesus dem Tod auf Golgotha entgangen und daraufhin nach Indien geflohen sei, wo er bis zu seinem Tod im Alter von 120 Jahren gewirkt habe.