VOR allem bei Erforschern der Bibel ist Whiston auch deshalb bekannt, weil er die Schriften des jüdischen Historikers Flavius Josephus ins Englische übersetzt hat. Diese haben viel Licht auf die jüdische Geschichte und die Welt der frühen Christen geworfen.

1737 veröffentlichte er seine Übersetzung der Schriften von Josephus und trug so dazu bei, den geschichtlichen Hintergrund des Urchristentums verständlicher zu machen. Seine Übersetzung wird nach wie vor aufgelegt.