Το αίμα των ζώων που προσφέρονταν ως θυσία το έχυναν στη βάση του θυσιαστηρίου, και πιθανώς υπήρχε κάποιο είδος αγωγού που απομάκρυνε το αίμα από την περιοχή του ναού. Αναφέρεται ότι στο ναό του Ηρώδη υπήρχε ένας τέτοιος αγωγός συνδεδεμένος με το νοτιοδυτικό κέρατο του θυσιαστηρίου, ενώ στη βραχώδη περιοχή όπου βρισκόταν ο ναός έχει βρεθεί ένα άνοιγμα που οδηγεί σε κάποιο υπόγειο κανάλι το οποίο εκβάλλει στην Κοιλάδα Κιδρόν.

Αγιασμός και χρήση των θυσιαστηρίων της σκηνής. Κατά τη διάρκεια της τελετής καθιέρωσης, και τα δύο θυσιαστήρια χρίστηκαν και αγιάστηκαν. (Εξ 40:9, 10) Σε εκείνη την περίσταση, όπως και σε μεταγενέστερες θυσίες ορισμένων προσφορών για αμαρτία, έβαλαν μέρος του αίματος του θυσιασμένου ζώου πάνω στα κέρατα του θυσιαστηρίου του ολοκαυτώματος και έχυσαν το υπόλοιπο στη βάση του. (Εξ 29:12· Λευ 8:15· 9:8, 9)

Κάθε χρόνο, την Ημέρα της Εξιλέωσης, ο αρχιερέας καθάριζε και αγίαζε το θυσιαστήριο βάζοντας λίγο από το αίμα των ζώων που προσφέρονταν ως θυσία πάνω στα κέρατα του θυσιαστηρίου και τινάζοντάς το πάνω στο θυσιαστήριο εφτά φορές.—Λευ 16:18, 19.