Σε λίγες μέρες, έφυγε από το Δουβλίνο και γύρισε στην Αγγλία. Ύστερα, όμως, από δέκα εβδομάδες, επέστρεψε για να τακτοποιήσει ορισμένες υποθέσεις, με στόχο να μετακομίσει μόνιμα στο Λονδίνο. Κατά την παραμονή του εκεί, και ελπίζοντας να τεκμηριώσει τις απόψεις του, εξέδωσε το έργο Μια Ταπεινή Έρευνα στη Γραφική Αφήγηση για τον Ιησού Χριστό (An Humble Inquiry Into the Scripture-Account of Jesus Christ). Σε αυτό αποδείκνυε με σαφήνεια από τη Γραφή γιατί ο Ιησούς δεν μπορεί να είναι ο Υπέρτατος Θεός. Κάποια μέλη της πρώην εκκλησίας του στο Δουβλίνο εξοργίστηκαν και υπέβαλαν επίσημη καταγγελία εναντίον του.

Ο Έμλιν συνελήφθη και οδηγήθηκε ενώπιον του Δικαστηρίου της Βασίλισσας στο Δουβλίνο στις 14 Ιουνίου 1703. Σύμφωνα με το έργο του Αντικειμενική Εξιστόρηση της Δίκης (True Narrative of the Proceedings), τον κατηγόρησαν «για τη συγγραφή και έκδοση ενός βιβλίου στο οποίο, υποτίθεται, ότι είχα ισχυριστεί βλάσφημα, κακόβουλα, κτλ. πως ο Ιησούς Χριστός δεν είναι ίσος με τον Θεό τον Πατέρα». Επρόκειτο για παρωδία δίκης. Στα έδρανα κάθονταν και εφτά επίσκοποι της Εκκλησίας της Ιρλανδίας. Στον Έμλιν δεν επιτράπηκε να απολογηθεί.