Σε μερικά πρίσματα ο Ναβονίδης αναφέρει, παράλληλα με τον εαυτό του, και τον πρωτότοκο γιο του, τον Βαλτάσαρ, στις προσευχές του προς το θεό της σελήνης. (Έγγραφα από την Εποχή της Παλαιάς Διαθήκης [Documents From Old Testament Times], επιμέλεια Ντ. Γ. Τόμας, 1962, σ. 73) Μια επιγραφή δείχνει ότι κατά το τρίτο έτος του, προτού ξεκινήσει για μια εκστρατεία που κατέληξε στην κατάκτηση της Θεμά στην Αραβία, ο Ναβονίδης ανέθεσε στον Βαλτάσαρ τη βασιλεία της Βαβυλώνας. Το ίδιο κείμενο υποδηλώνει ότι ο Ναβονίδης πρόσβαλε το λαό της αυτοκρατορίας του καθιστώντας επίκεντρο της λατρείας το θεό της σελήνης και απουσιάζοντας από τη Βαβυλώνα όταν επρόκειτο να τελεστεί η γιορτή του Νέου Έτους. Το έγγραφο που είναι γνωστό ως Χρονικό του Ναβονίδη δηλώνει ότι κατά το 7ο, το 9ο, το 10ο και το 11ο έτος της βασιλείας του ο Ναβονίδης βρισκόταν στην πόλη Θεμά, και για καθένα από αυτά τα έτη γίνεται η εξής δήλωση: «Ο βασιλιάς δεν ήρθε στη Βαβυλώνα [για τις εορταστικές εκδηλώσεις του μήνα Νισανού]· (η εικόνα) του θεού Νεβώ δεν ήρθε στη Βαβυλώνα, (η εικόνα) του θεού Βηλ δεν βγήκε (από τον Εσαγκίλα σε πομπή), η γιορτή [του Νέου Έτους δεν έγινε]». (Αρχαία Κείμενα από την Εγγύς Ανατολή, σ. 306) Επειδή κάποια τμήματα του κειμένου έχουν υποστεί φθορά, το υπόμνημα των υπόλοιπων ετών είναι ατελές.

Σχετικά με την πόλη Θεμά της ομώνυμης όασης, έχουν καταγραφεί αλλού τα εξής: «Εξωράισε την πόλη, οικοδόμησε (εκεί) [ανάκτορο για τον εαυτό του] όπως το ανάκτορο στη Σου-αν-να (Βαβυλώνα)». (Αρχαία Κείμενα από την Εγγύς Ανατολή, σ. 313) Ο Ναβονίδης φαίνεται ότι είχε μεταφέρει τη βασιλική κατοικία του στη Θεμά, και άλλα κείμενα δείχνουν ότι καραβάνια με καμήλες κουβαλούσαν προμήθειες εκεί από τη Βαβυλωνία. Παρότι δεν αποποιήθηκε το αξίωμα του ανώτατου άρχοντα της αυτοκρατορίας, ανέθεσε την κυβερνητική διοίκηση της Βαβυλώνας στον Βαλτάσαρ. Δεδομένου ότι η Θεμά αποτελούσε κόμβο στις αρχαίες οδούς των καραβανιών, διαμέσου των οποίων μεταφέρονταν χρυσάφι και μυρωδικά από την Αραβία, το ενδιαφέρον του Ναβονίδη για αυτήν μπορεί να υποκινούνταν από οικονομικούς λόγους ή λόγους στρατηγικής. Προβάλλεται επίσης η άποψη ότι θεωρούσε πολιτικά ενδεδειγμένη τη διαχείριση των βαβυλωνιακών υποθέσεων μέσω του γιου του. Άλλοι παράγοντες, όπως το υγιεινό κλίμα της Θεμά και η εξέχουσα θέση της λατρείας της σελήνης στην Αραβία, έχουν επίσης επισημανθεί ως πιθανά αίτια της φανερής προτίμησης που έδειχνε ο Ναβονίδης στη Θεμά.

Δεν έχουμε στη διάθεσή μας πληροφορίες για τις δραστηριότητες του Ναβονίδη από το 12ο μέχρι και το τελευταίο έτος του. Αναμένοντας επίθεση των Μήδων και των Περσών υπό τον Κύρο τον Μέγα, ο Ναβονίδης είχε συνάψει συμμαχία με τη Λυδική Αυτοκρατορία και την Αίγυπτο. Το Χρονικό του Ναβονίδη δείχνει ότι το έτος της μηδοπερσικής επίθεσης ο Ναβονίδης είχε επιστρέψει στη Βαβυλώνα, ότι η γιορτή του Νέου Έτους τελέστηκε και ότι οι διάφοροι θεοί της Βαβυλωνίας φέρθηκαν μέσα στην πόλη. Σχετικά με την προέλαση του Κύρου, το Χρονικό δηλώνει ότι, έπειτα από μια νίκη του στην Ώπιδα, κατέλαβε τη Σιπάρ (περ. 60 χλμ. Β της Βαβυλώνας) και «ο Ναβονίδης τράπηκε σε φυγή». Ακολουθεί η εξιστόρηση της κατάκτησης της Βαβυλώνας από τους Μηδοπέρσες και λέγεται πως, όταν ο Ναβονίδης επέστρεψε εκεί, αιχμαλωτίστηκε. (Αρχαία Κείμενα από την Εγγύς Ανατολή, σ. 306) Τα συγγράμματα του Βηρωσσού, ενός Βαβυλώνιου ιερέα ο οποίος έζησε τον τρίτο αιώνα Π.Κ.Χ., αναφέρουν ότι ο Ναβονίδης βγήκε να αντιμετωπίσει τις δυνάμεις του Κύρου σε μάχη αλλά ηττήθηκε. Αναφέρουν ακόμη ότι ο Ναβονίδης κατέφυγε στη Βορσίππα (ΝΝΔ της Βαβυλώνας) και ότι μετά την πτώση της Βαβυλώνας ο Ναβονίδης παραδόθηκε στον Κύρο και στη συνέχεια εκτοπίστηκε στην Καρμανία (στη νότια Περσία). Η αφήγηση αυτή βρίσκεται σε αρμονία με το Βιβλικό υπόμνημα στο 5ο κεφάλαιο του βιβλίου του Δανιήλ, το οποίο δείχνει πως όταν έπεσε η Βαβυλώνα ο Βαλτάσαρ ήταν ο εν ενεργεία βασιλιάς της.

Όσον αφορά την απουσία άμεσης μνείας του Ναβονίδη στο 5ο κεφάλαιο του Δανιήλ, ας σημειωθεί ότι η περιγραφή του Δανιήλ ασχολείται με ελάχιστα μόνο γεγονότα τα οποία προηγήθηκαν της πτώσης της Βαβυλώνας, ενώ και αυτή ακόμη η κατάρρευση της αυτοκρατορίας συνοψίζεται σε λίγες λέξεις. Ωστόσο, η εξουσία του προφανώς υποδηλώνεται στα εδάφια Δανιήλ 5:7, 16, 29, όπου ο Βαλτάσαρ προσφέρεται να κάνει τον Δανιήλ τρίτο άρχοντα του βασιλείου, κάτι που αφήνει να εννοηθεί ότι ο Ναβονίδης ήταν ο πρώτος άρχοντας και ο Βαλτάσαρ ο δεύτερος. Έτσι λοιπόν, ο καθηγητής Ντόχερτι σχολιάζει: «Μπορούμε να θεωρήσουμε ότι η παράλειψη του Ναβονίδη από την αφήγηση του πέμπτου κεφαλαίου του Δανιήλ ταιριάζει στα γεγονότα, δεδομένου ότι αυτός δεν φαίνεται να είχε ανάμειξη στα όσα έλαβαν χώρα όταν ο Γωβρύας [ο επικεφαλής του στρατού του Κύρου] εισέβαλε στην πόλη».—Ναβονίδης και Βαλτάσαρ, σ. 195, 196· βλέπε επίσης σ. 73, 170, 181· βλέπε Δα 5:1, υποσ.

Ενδιαφέρουσες είναι επίσης οι προφανείς αναφορές στον Βαλτάσαρ οι οποίες περιέχονται στο Χρονικό. Αν και δεν κατονομάζεται συγκεκριμένα ο Βαλτάσαρ, ο Σίντνεϊ Σμιθ, στο σύγγραμμά του Βαβυλωνιακά Ιστορικά Κείμενα για την Κατάληψη και την Πτώση της Βαβυλώνας ([Babylonian Historical Texts: Relating to the Capture and Downfall of Babylon] Λονδίνο, 1924, σ. 100), ερμηνεύει τον 8ο στίχο της 1ης στήλης, με βάση παρακάτω τμήματα του Χρονικού (τους στίχους 5, 10, 19, 23 της 2ης στήλης), λέγοντας πως αυτός ο στίχος υποδεικνύει ότι ο Ναβονίδης ανέθεσε τη βασιλεία στον Βαλτάσαρ, καθιστώντας τον συμβασιλιά. Κατ’ επανάληψη το Χρονικό δηλώνει ότι ο “διάδοχος του θρόνου βρισκόταν στην Ακκάδ [Βαβυλωνία]”, ενώ ο ίδιος ο Ναβονίδης βρισκόταν στη Θεμά (στην Αραβία). Το γεγονός, βέβαια, ότι στο Χρονικό του Ναβονίδη δεν γίνεται ονομαστική μνεία του Βαλτάσαρ ή αναφορά στο θάνατό του δεν εγείρει καμιά αμφιβολία για την ακρίβεια του θεόπνευστου βιβλίου του Δανιήλ, όπου το όνομα Βαλτάσαρ εμφανίζεται οχτώ φορές και ο θάνατός του επισφραγίζει την παραστατική εξιστόρηση της πτώσης της Βαβυλώνας στο 5ο κεφάλαιο. Τουναντίον, οι ειδήμονες της σφηνοειδούς γραφής παραδέχονται ότι το Χρονικό του Ναβονίδη είναι εξαιρετικά συνοπτικό, και επιπρόσθετα, όπως φαίνεται παραπάνω, διακρατούν την άποψη ότι γράφτηκε για να δυσφημήσει τον Ναβονίδη και όχι για να δώσει λεπτομερείς ιστορικές πληροφορίες. Μάλιστα, όπως λέει ο Ρ. Φ. Ντόχερτι στο σύγγραμμά του Ναβονίδης και Βαλτάσαρ (σ. 200): «Μπορούμε να θεωρήσουμε ότι η Γραφική αφήγηση υπερέχει επειδή χρησιμοποιεί το όνομα Βαλτάσαρ».—Τα πλάγια γράμματα δικά μας.