Ο Ιωάννης Υρκανός, επιζών γιος του Σίμωνα, προειδοποιήθηκε για την απόπειρα κατά της ζωής του. Συνέλαβε τους υποψήφιους δολοφόνους του και έγινε ηγεμόνας και αρχιερέας στη θέση του πατέρα του.

Περαιτέρω Επέκταση και Καταδυνάστευση

Στην αρχή, ο Ιωάννης Υρκανός αντιμετώπισε σοβαρές απειλές από τις συριακές δυνάμεις, αλλά κατόπιν, το 129 Π.Κ.Χ., η δυναστεία των Σελευκιδών έχασε μια κρίσιμη μάχη με τους Πάρθους. Σχετικά με την επίδραση που είχε αυτός ο πόλεμος στους Σελευκίδες, ο Εβραίος λόγιος Μέναχεμ Στερν έγραψε: «Ολόκληρο το οικοδόμημα του βασιλείου στην ουσία κατέρρευσε». Ο Υρκανός ήταν επομένως «σε θέση να αποκαταστήσει πλήρως την πολιτική ανεξαρτησία της Ιουδαίας και να αρχίσει να επεκτείνεται προς διάφορες κατευθύνσεις». Και πράγματι αυτό έκανε.

Τώρα, ανεμπόδιστος από οποιαδήποτε συριακή απειλή, ο Υρκανός άρχισε να εισβάλλει σε περιοχές εκτός της Ιουδαίας, υποτάσσοντάς τες. Οι κάτοικοί τους έπρεπε να μεταστραφούν στον Ιουδαϊσμό αλλιώς οι πόλεις τους θα ισοπεδώνονταν. Μια τέτοια εκστρατεία έγινε εναντίον των Ιδουμαίων (Εδωμιτών). Σχετικά με αυτήν, ο Στερν παρατήρησε: «Η μεταστροφή των Ιδουμαίων ήταν η πρώτη του είδους της, εφόσον επρόκειτο για μια ολόκληρη φυλή και όχι για μερικά άτομα». Μεταξύ των περιοχών που κατακτήθηκαν ήταν η Σαμάρεια, όπου ο Υρκανός ισοπέδωσε το σαμαρειτικό ναό που βρισκόταν στο Όρος Γαριζίν. Δείχνοντας την ειρωνεία τού να εφαρμόζει η δυναστεία των Ασμοναίων μια πολιτική υποχρεωτικής μεταστροφής, ο ιστορικός Σόλομον Γκρέιζελ έγραψε: «Να λοιπόν που ένας εγγονός του Ματταθία [του πατέρα του Ιούδα Μακκαβαίου] παραβίαζε την ίδια ακριβώς αρχή​—τη θρησκευτική ελευθερία—​την οποία είχε υπερασπιστεί με τόση γενναιοφροσύνη η προηγούμενη γενιά».

Εμφανίζονται οι Φαρισαίοι και οι Σαδδουκαίοι

Ο Ιώσηπος ασχολείται για πρώτη φορά με την αυξανόμενη επιρροή των Φαρισαίων και των Σαδδουκαίων όταν γράφει για την ηγεμονία του Υρκανού.

Ο Ιώσηπος αναφέρει ότι ο Ιωάννης Υρκανός ήταν στην αρχή μαθητής και υποστηρικτής των Φαρισαίων. Ωστόσο, σε κάποιο σημείο, οι Φαρισαίοι τον έλεγξαν επειδή δεν εγκατέλειπε το αρχιερατικό αξίωμα. Αυτό οδήγησε σε μια δραματική ρήξη. Ο Υρκανός έθεσε εκτός νόμου τις θρησκευτικές διατάξεις των Φαρισαίων. Ως επιπρόσθετη τιμωρία, πήγε με το μέρος των Σαδδουκαίων, των θρησκευτικών αντιπάλων των Φαρισαίων.