Ως βασιλιάς, ο Ναβονίδης έδειχνε μεγάλη ευλάβεια στη λατρεία του θεού της σελήνης, τόσο στη Χαρράν όσο και στην Ουρ, όπου αυτός ο θεός κατείχε κυρίαρχη θέση.—ΕΙΚΟΝΑ, Τόμ. 2, σ. 324.

Σε μερικά πρίσματα ο Ναβονίδης αναφέρει, παράλληλα με τον εαυτό του, και τον πρωτότοκο γιο του, τον Βαλτάσαρ, στις προσευχές του προς το θεό της σελήνης. (Έγγραφα από την Εποχή της Παλαιάς Διαθήκης [Documents From Old Testament Times], επιμέλεια Ντ. Γ. Τόμας, 1962, σ. 73) Μια επιγραφή δείχνει ότι κατά το τρίτο έτος του, προτού ξεκινήσει για μια εκστρατεία που κατέληξε στην κατάκτηση της Θεμά στην Αραβία, ο Ναβονίδης ανέθεσε στον Βαλτάσαρ τη βασιλεία της Βαβυλώνας. Το ίδιο κείμενο υποδηλώνει ότι ο Ναβονίδης πρόσβαλε το λαό της αυτοκρατορίας του καθιστώντας επίκεντρο της λατρείας το θεό της σελήνης και απουσιάζοντας από τη Βαβυλώνα όταν επρόκειτο να τελεστεί η γιορτή του Νέου Έτους.