Αναμένοντας επίθεση των Μήδων και των Περσών υπό τον Κύρο τον Μέγα, ο Ναβονίδης είχε συνάψει συμμαχία με τη Λυδική Αυτοκρατορία και την Αίγυπτο. Το Χρονικό του Ναβονίδη δείχνει ότι το έτος της μηδοπερσικής επίθεσης ο Ναβονίδης είχε επιστρέψει στη Βαβυλώνα, ότι η γιορτή του Νέου Έτους τελέστηκε και ότι οι διάφοροι θεοί της Βαβυλωνίας φέρθηκαν μέσα στην πόλη. Σχετικά με την προέλαση του Κύρου, το Χρονικό δηλώνει ότι, έπειτα από μια νίκη του στην Ώπιδα, κατέλαβε τη Σιπάρ (περ. 60 χλμ. Β της Βαβυλώνας) και «ο Ναβονίδης τράπηκε σε φυγή». Ακολουθεί η εξιστόρηση της κατάκτησης της Βαβυλώνας από τους Μηδοπέρσες και λέγεται πως, όταν ο Ναβονίδης επέστρεψε εκεί, αιχμαλωτίστηκε. (Αρχαία Κείμενα από την Εγγύς Ανατολή, σ. 306) Τα συγγράμματα του Βηρωσσού, ενός Βαβυλώνιου ιερέα ο οποίος έζησε τον τρίτο αιώνα Π.Κ.Χ., αναφέρουν ότι ο Ναβονίδης βγήκε να αντιμετωπίσει τις δυνάμεις του Κύρου σε μάχη αλλά ηττήθηκε. Αναφέρουν ακόμη ότι ο Ναβονίδης κατέφυγε στη Βορσίππα (ΝΝΔ της Βαβυλώνας) και ότι μετά την πτώση της Βαβυλώνας ο Ναβονίδης παραδόθηκε στον Κύρο και στη συνέχεια εκτοπίστηκε στην Καρμανία (στη νότια Περσία). Η αφήγηση αυτή βρίσκεται σε αρμονία με το Βιβλικό υπόμνημα στο 5ο κεφάλαιο του βιβλίου του Δανιήλ, το οποίο δείχνει πως όταν έπεσε η Βαβυλώνα ο Βαλτάσαρ ήταν ο εν ενεργεία βασιλιάς της.

Το Χρονικό του Ναβονίδη δείχνει ότι το έτος της μηδοπερσικής επίθεσης ο Ναβονίδης είχε επιστρέψει στη Βαβυλώνα, ότι η γιορτή του Νέου Έτους τελέστηκε και ότι οι διάφοροι θεοί της Βαβυλωνίας φέρθηκαν μέσα στην πόλη. Σχετικά με την προέλαση του Κύρου, το Χρονικό δηλώνει ότι, έπειτα από μια νίκη του στην Ώπιδα, κατέλαβε τη Σιπάρ (περ. 60 χλμ. Β της Βαβυλώνας) και «ο Ναβονίδης τράπηκε σε φυγή». Ακολουθεί η εξιστόρηση της κατάκτησης της Βαβυλώνας από τους Μηδοπέρσες και λέγεται πως, όταν ο Ναβονίδης επέστρεψε εκεί, αιχμαλωτίστηκε. (Αρχαία Κείμενα από την Εγγύς Ανατολή, σ. 306)