Εκείνον τον καιρό πολλοί από τους μαθητές του βρίσκονταν αντιμέτωποι με τα φιλοσοφικά ζητήματα της εποχής. Προσπαθώντας να τους βοηθήσει, ο Ωριγένης ερεύνησε προσεκτικά τα διάφορα φιλοσοφικά ρεύματα που διαμόρφωναν τις διάνοιες των νεαρών μαθητών του. Πρόθεσή του ήταν να προσφέρει ικανοποιητικές απαντήσεις στις φιλοσοφικές αναζητήσεις των μαθητών του.

Προσπαθώντας να συμφιλιώσει τη Γραφή με τη φιλοσοφία, ο Ωριγένης βασίστηκε πολύ στην αλληγορική μέθοδο ερμηνείας των Γραφών. Δεχόταν ως δεδομένο ότι η Γραφή είχε πάντα πνευματική σημασία αλλά όχι απαραίτητα κυριολεκτική. Όπως τόνισε ένας λόγιος, αυτό έδινε στον Ωριγένη «τη δυνατότητα να “βασίζει” μέσα στη Γραφή οποιεσδήποτε μη Γραφικές ιδέες εναρμονίζονταν με το δικό του θεολογικό σύστημα, ενώ παράλληλα δήλωνε (και αναμφίβολα πίστευε ειλικρινά) πως είναι ιδιαίτερα ενθουσιώδης και πιστός ερμηνευτής των σκέψεων της Γραφής».

Μια επιστολή που έστειλε ο Ωριγένης σε έναν από τους μαθητές του μας βοηθάει να καταλάβουμε καλύτερα τον τρόπο σκέψης του. Ο Ωριγένης επισήμανε ότι οι Ισραηλίτες έφτιαξαν σκεύη για το ναό του Ιεχωβά χρησιμοποιώντας χρυσό που είχαν πάρει από την Αίγυπτο. Σε αυτό βρήκε αλληγορική υποστήριξη για να δικαιολογήσει το γεγονός ότι χρησιμοποιούσε την ελληνική φιλοσοφία στη διδασκαλία της Χριστιανοσύνης. Όπως έγραψε ο ίδιος: «Πόσο χρήσιμα ήταν για τα τέκνα του Ισραήλ τα πράγματα που πήραν από την Αίγυπτο, τα οποία οι Αιγύπτιοι δεν χρησιμοποιούσαν κατάλληλα, αλλά οι Εβραίοι, κατευθυνόμενοι από τη σοφία του Θεού, τα χρησιμοποίησαν στην υπηρεσία του Θεού». Έτσι λοιπόν, ο Ωριγένης ενθάρρυνε το μαθητή του να «αποσπάσει από τη φιλοσοφία των Ελλήνων οτιδήποτε θα μπορούσε να χρησιμεύσει ως αντικείμενο μελέτης ή ως προπαρασκευαστικό μέσο για τη Χριστιανοσύνη».

Αυτή η ακατάσχετη προσέγγιση όσον αφορά την ερμηνεία της Γραφής έκανε δυσδιάκριτη τη διαχωριστική γραμμή ανάμεσα στα Χριστιανικά δόγματα και στην ελληνική φιλοσοφία. Λόγου χάρη, στο βιβλίο του με τίτλο Περί Αρχών, ο Ωριγένης περιέγραψε τον Ιησού ως “τον μονογενή Γιο, ο οποίος μεν γεννήθηκε, αλλά χωρίς να έχει αρχή”, προσθέτοντας: “Η γέννησή του είναι «άχρονη και προαιώνια». Καθίσταται Γιος, όχι λαβαίνοντας πνοή ζωής, μέσω κάποιας εξωτερικής ενέργειας, αλλά έχοντας ο ίδιος τη φύση του Θεού”.

Ο Ωριγένης δεν βρήκε αυτή την ιδέα στη Βίβλο, επειδή οι Γραφές διδάσκουν ότι ο μονογενής Γιος του Ιεχωβά είναι «ο πρωτότοκος όλης της δημιουργίας» και «η αρχή της δημιουργίας του Θεού». (Κολοσσαείς 1:15· Αποκάλυψη 3:14) Σύμφωνα με τον θρησκευτικό ιστορικό Αύγουστο Νέανδρο, ο Ωριγένης οδηγήθηκε στην ιδέα της «προαιώνιας γέννησης» εξαιτίας της «φιλοσοφικής εκπαίδευσης που έλαβε στη σχολή του Πλάτωνα». Έτσι λοιπόν, ο Ωριγένης παραβίασε τη βασική Γραφική εντολή: «Μην προχωρείτε πέρα από όσα είναι γραμμένα».​—1 Κορινθίους 4:6.

Η ανάμειξη των Γραφικών διδασκαλιών με την ελληνική φιλοσοφία διέσπειρε λάθη στη θεολογία του Ωριγένη, με καταστροφικές συνέπειες για το Χριστιανικό κόσμο. Για παράδειγμα, αν και οι περισσότερες αβάσιμες υποθέσεις του Ωριγένη αργότερα απορρίφθηκαν, οι απόψεις του σχετικά με την «προαιώνια γέννηση» του Χριστού συνέβαλαν στην εδραίωση του αντιγραφικού δόγματος της Τριάδας. Το βιβλίο Η Εκκλησία των Τριών Πρώτων Αιώνων (The Church of the First Three Centuries) παρατηρεί: «Η τάση προς τη φιλοσοφία [την οποία εισήγαγε ο Ωριγένης] δεν επρόκειτο να εξαλειφθεί γρήγορα». Με ποιο αποτέλεσμα; «Η απλότητα της Χριστιανικής πίστης υπέστη διαφθορά και ένα πλήθος από λάθη εισχώρησε στην Εκκλησία».