Οι Αναβαπτιστές βρέθηκαν για πρώτη φορά στο προσκήνιο περίπου στο έτος 1525, στη Ζυρίχη της Ελβετίας. Από εκείνη την πόλη οι πεποιθήσεις τους διαδόθηκαν ραγδαία σε πολλά μέρη της Ευρώπης. Για τους Αναβαπτιστές, η Μεταρρύθμιση, που έλαβε χώρα στις αρχές του 16ου αιώνα, είχε κάνει μεν μερικές αλλαγές, αλλά όχι όσες χρειάζονταν.

Θέλοντας να ξαναγυρίσουν στις Χριστιανικές διδασκαλίες του πρώτου αιώνα, απόρριψαν περισσότερα Ρωμαιοκαθολικά δόγματα απ’ όσα ο Μαρτίνος Λούθηρος και διάφοροι άλλοι μεταρρυθμιστές.

Οι Αναβαπτιστές έπεσαν θύματα παρανόησης, όπως και οι πρώτοι Χριστιανοί. Τον πρώτο αιώνα δημιουργήθηκε η άποψη ότι οι Χριστιανοί προσπαθούσαν να αλλάξουν το κοινωνικό κατεστημένο, ότι ‘αναστάτωναν την οικουμένη’· η ίδια άποψη δημιουργήθηκε και για τους Αναβαπτιστές. (Πράξεις 17:6) Στη Ζυρίχη της Ελβετίας, οι αρχές, από κοινού με τον μεταρρυθμιστή Ούρλιχ Ζβίγγλιο, διαφώνησαν με τους Αναβαπτιστές, ειδικά στο ζήτημα της άρνησης των τελευταίων να βαφτίζουν νήπια. Το 1527 έπνιξαν απάνθρωπα τον Ιούλιο Μαντς, έναν ηγέτη των Αναβαπτιστών, και εξαπόλυσαν έναν τόσο σκληρό διωγμό εναντίον των Ελβετών Αναβαπτιστών που σχεδόν τους αφάνισαν.

Στη Γερμανία οι Αναβαπτιστές καταδιώχτηκαν σκληρά τόσο από τους Καθολικούς όσο και από τους Προτεστάντες. Το 1528 εκδόθηκε ένα αυτοκρατορικό διάταγμα που έλεγε ότι όποιος γινόταν Αναβαπτιστής θα τιμωρούνταν με θάνατο—χωρίς καν να περάσει από κάποιου είδους δίκη. Στην Αυστρία ο διωγμός ανάγκασε τους περισσότερους Αναβαπτιστές που ζούσαν εκεί να καταφύγουν στη Μοραβία, στη Βοημία και στην Πολωνία, και αργότερα στην Ουγγαρία και στη Ρωσία.