Vielä myöhemmin tuolla nimityksellä oli pikemminkin uskonnollinen kuin etninen tai poliittinen merkitys. ”Samarialainen” tarkoitti sellaista, joka kuului lähellä muinaista Sikemiä ja Samariaa kukoistaneeseen uskonnolliseen lahkoon ja joka piti kiinni joistakin juutalaisuudesta selvästi erottuvista opinkappaleista (Joh 4:9).

Joidenkuiden mielestä samarialaisen temppelin pystyttäminen Garisiminvuorelle ehkä 300-luvulla eaa. Jerusalemin temppelin kilpailijaksi oli merkki juutalaisten ja samarialaisten lopullisesta erosta, mutta jotkut arvelevat, että tuo välirikko tapahtui vasta runsaat sata vuotta myöhemmin. Jeesuksen aloittaessa palveluksensa noiden ryhmien välit eivät olleet parantuneet, vaikka Garisiminvuorella ollut temppeli oli tuhottu noin 150 vuotta aikaisemmin (Joh 4:9).