Pada masa lebih belakangan, nama itu lebih berkonotasi agama daripada ras atau politik. ”Orang Samaria” memaksudkan penganut sekte agama yang berkembang di sekitar Syikhem dan Samaria kuno serta percaya kepada doktrin-doktrin dasar tertentu yang jelas sangat berbeda dari Yudaisme.—Yoh 4:9.

Ada yang menganggap bahwa didirikannya bait Samaria di G. Gerizim sebagai saingan bait di Yerusalem, mungkin pada abad keempat SM, menandai perpisahan yang menentukan antara orang Yahudi dan orang Samaria, meskipun ada yang berpendapat bahwa pemutusan hubungan terjadi lebih dari satu abad kemudian. Ketika Yesus memulai pelayanannya, perpecahan di antara mereka masih ada, walaupun bait di G. Gerizim telah dihancurkan kira-kira satu setengah abad sebelumnya. (Yoh 4:9)