ヨーロッパが第二次世界大戦に突入すると，オランダから文書が届かなくなります。でも兄弟たちは，それを見越して，ジャカルタで雑誌の印刷を外注する用意を慎重に整えていました。1939年1月，インドネシア語での最初の「慰め」誌（現在の「目ざめよ！」誌）が出版され，「ものみの塔」誌もまもなく発行されました。それで兄弟たちは小さな印刷機を購入し，自分たちで雑誌の生産を始めました。1940年，もっと大きな平台印刷機がオーストラリアから届きます。そして，皆で経費を負担しながら，インドネシア語とオランダ語で小冊子と雑誌を生産しました。

ついに1941年7月28日，当局はものみの塔協会の出版物すべてを発禁処分にします。ジーン･デシャンはこう振り返っています。「ある朝，事務所でタイプを打っていると，ドアが乱暴に開き，3人の警官とオランダ人の上官がずかずかと入ってきました。上官は勲章，白手袋，軍刀，羽根飾りのある帽子で正装していました。でもわたしたちは驚きませんでした。3日前に，わたしたちの文書が間もなく発禁処分になるという内部情報があったからです。上官はもったいぶった様子で宣告文を長々と読み上げ，印刷施設を閉鎖するので自分たちをそこへ案内するよう命じました。でもわたしの夫は上官に，来るのが遅すぎたと言いました。印刷機は前日に売ったところでした」。

とはいえ，聖書は禁止されていませんでした。それで兄弟たちは聖書だけを使って家から家への伝道を続け，聖書研究も司会しました。しかし，アジアに戦争の嵐が迫っていたため，外国からの開拓者たちはオーストラリアに戻るよう指示されます。

1942年の初めごろ，日本軍が破竹の勢いでインドネシアに侵攻し，統治を始めました。多くの兄弟たちは，道路や排水路の建設という厳しい肉体労働を強制されます。不潔な収容所に拘禁され，戦争を支持しなかったため拷問された人たちもいます。少なくとも3人の兄弟が獄中で亡くなりました。

東ジャワの山奥の村に住んでいたヨハンナ･ハープというオランダ人の姉妹は，戦争が始まって最初の2年間，収容所に入らずに済みました。ヨハンナと3人の10代の子どもたちは自由の身であった間に，「救い」という本と「ものみの塔」誌を英語からオランダ語に翻訳します。a 翻訳が終わった出版物は複写され，ジャワ島全域の証人たちに秘密裏に配られました。

自由の身だった少数の証人たちは小さなグループで集まり，注意深く伝道しました。ジョセフィン･エリアス（旧姓タン）はこう述べています。「いつも警戒しながら非公式の証言をしました。真理に関心がある人の家へ行く時は，チェス盤を持っていきました。チェスをしに行っているだけだと思われるからです」。フェリックス･タンと妻のボラは石けんを売るふりをしながら伝道しました。フェリックスはこう語っています。「日本の恐ろしい憲兵隊のスパイに尾行されることがよくありました。怪しまれないよう，色々な時間に研究生のところへ行くようにしました。6人の研究生がよく進歩し，戦時中にバプテスマを受けました」。

ジャカルタの兄弟たちと意見が分かれる

兄弟たちは戦争による困難に何とか対処していましたが，やがて別の深刻な問題に直面します。日本の当局が，中国系インドネシア人を含むすべての外国人に対して，登録を行ない，大日本帝国への忠誠を誓う身分証明書を携帯するよう命じたのです。大勢の兄弟が，「登録して身分証明書にサインするべきだろうか，それとも拒否すべきだろうか」と考えました。

フェリックス･タンは次のように説明します。「ジャカルタの兄弟たちは，スカブミにいるわたしたちに証明書へのサインを拒否するよう強く勧めてきました。でもわたしたちは証明書にある，日本軍に対して『下記署名者は忠誠を誓う』という表現を『下記署名者は妨害を行なわない』に変えてよいか，と当局に尋ねました。驚いたことに，許可が得られ，わたしたちは証明書を入手しました。ジャカルタの兄弟たちはそのことを聞くと，わたしたちを背教者と呼び，関係を絶ってしまいました」。

残念なことに，ジャカルタの兄弟たちのうち極端な見方をした人たちのほとんどは，逮捕され真理を捨ててしまいます。ある兄弟は妥協することを拒んで投獄され，アンドレ･エリアスと一緒になりました。アンドレはこう語っています。「わたしはその兄弟と一緒に証明書の問題について筋道立てて考え，バランスの取れた見方ができるよう助けました。兄弟はわたしたちと関係を絶ったことについて謙遜に許しを求めました。それからは，2人で大いに築き上げる時間を過ごすことができましたが，悲しいことに，兄弟は獄中の劣悪な環境が原因で亡くなりました」。