異端審問の起源は，異説を唱える各種の集団がカトリックのヨーロッパに台頭し始めた11世紀と12世紀にさかのぼります。しかし，1184年にイタリアのベロナで開かれた教会会議で，教皇ルキウス3世がこれを認めるに及んで，異端審問は本式のものになりました。同教皇は神聖ローマ皇帝フリードリヒ1世バルバロッサと共に，カトリックの教理に反することを語る者，あるいはそのような考えを抱いた者さえ教会はこれを破門し，俗権がこれをしかるべき刑に処することを定めました。司教たちは異端者を捜し出すよう指示されました。これが司教による異端審問と呼ばれたもの，すなわちカトリックの司教たちの管轄下に置かれた異端審問の始まりでした。

したがって，しばらくの間，司教による異端審問と，教皇特使による異端審問の二つが並行して行なわれましたが，前者より後者のほうが厳しいものでした。