I Apostlenes gjerninger er han omtalt både ved sitt navn, Johannes, og ved sitt tilnavn, Markus, og han er den Johannes som er nevnt i Apostlenes gjerninger 13: 5, 13.

Da de kom til Perge i Pamfylia, trakk Johannes Markus seg tilbake fra dem av en eller annen grunn som ikke blir oppgitt, og «vendte tilbake til Jerusalem». (Apg 13: 13)