Pozostał jeszcze jeden syn Szymona, Jan Hyrkan, którego ostrzeżono o grożącym mu niebezpieczeństwie. Schwytał swych potencjalnych zabójców i objął po ojcu władzę oraz urząd arcykapłana.

Dalsza ekspansja i ucisk

Początkowo Janowi Hyrkanowi poważnie zagrażały wojska syryjskie, ale potem, w roku 129 p.n.e., dynastia Seleucydów poniosła klęskę w decydującej bitwie z Partami. O tym, jakie skutki miała ta wojna dla Seleucydów, żydowski uczony Menahem Stern napisał: „Cała struktura królestwa dosłownie legła w gruzach”. Dzięki temu Hyrkan „mógł w pełni odzyskać polityczną niezależność Judei i rozpocząć ekspansję w różnych kierunkach”. I tak właśnie postąpił.

Ponieważ Hyrkanowi nie zagrażali już Syryjczycy, zaczął najeżdżać i podbijać terytoria poza Judeą. Ich mieszkańcy musieli się nawracać na judaizm, bo w przeciwnym wypadku ich miasta równano z ziemią. Jedną z takich kampanii skierowano przeciw Idumejczykom (Edomitom). Menahem Stern tak ją skomentował: „Nawrócenie Idumejczyków było swego rodzaju precedensem, gdyż nie obejmowało jednostek, lecz cały naród”. Podbita została również Samaria — Hyrkan doszczętnie zniszczył tam świątynię, którą Samarytanie wznieśli na górze Garizim. Na temat niekonsekwencji widocznej w polityce nawracania siłą, stosowanej przez Hasmoneuszy, historyk Solomon Grayzel napisał z ironią: „Oto wnuk Matatiasza [ojca Judy Machabeusza] gwałci tę właśnie zasadę — wolność religijną — której poprzednie pokolenie tak szlachetnie broniło”.

Na scenie pojawiają się faryzeusze i saduceusze

Pisząc o panowaniu Hyrkana, Józef Flawiusz po raz pierwszy zwraca uwagę na coraz większy wpływ faryzeuszy i saduceuszy

Flawiusz donosi, że początkowo Jan Hyrkan był uczniem i zwolennikiem faryzeuszy. W pewnym jednak momencie faryzeusze zganili go za to, że nie chce zrezygnować z urzędu arcykapłana. Tak nastąpił między nimi tragiczny w skutkach rozbrat. Hyrkan usunął ich z zajmowanych stanowisk religijnych. Dodatkową karą było to, iż Hyrkan stanął po przeciwnej stronie, opowiadając się za saduceuszami.