Tradycja głosi, że sam Muhammad przewidział powstanie 72 heretyckich sekt islamskich. Tymczasem dziś ocenia się, że jest ich kilkaset.

Dwa najważniejsze ugrupowania to szyici i sunnici. Każde z nich dzieli się jednak na liczne odłamy. Na 100 muzułmanów 83 to sunnici, a około 15 jest szyitami. Pozostali należą do rozmaitych sekt, takich jak druzowie, czarni muzułmanie lub indonezyjscy Abanganowie, którzy przemieszali islam z buddyzmem, hinduizmem i miejscowymi kultami.

Na przykład w VIII i IX wieku pojawił się sufizm, jak na Zachodzie bywa nazywany muzułmański mistycyzm. Szybko przerodził się on w masowy ruch religijny. W XII stuleciu zakony, czyli bractwa sufich można było spotkać prawie wszędzie. Ich klasztory stały się niemal ważniejsze od meczetów. Uprawiali autohipnozę, osiąganą dzięki koncentracji lub dzikim tańcom, recytowali formułki modlitewne, wierzyli w cuda i czcili świętych.

Sufi nie zwalczali miejscowych zwyczajów i wierzeń. Toteż Turcy dalej praktykowali szamanizm, Afrykanie zatrzymali swych czarowników, mieszkańcy Indii pozostali przy hinduistycznych i przedhinduistycznych bogach i świętych, a Indonezyjczycy, jak podaje The New Encyclopædia Britannica, zachowali swój „preislamski światopogląd, przykryty osłonką obrzędów muzułmańskich”.

Do nowszych i bardziej znanych ruchów należy bahaizm, który w połowie XIX wieku wyłonił się w Iranie z islamu szyickiego. Inny odłam to sekta sunnicka Ahmadia, powstała pod koniec XIX wieku w Indiach, gdzie samozwańczy prorok Mirza Ghulam Ahmad ogłosił siebie wcieleniem Muhammada, przywróconym Jezusem, oraz inkarnacją hinduskiego Kriszny. Nauczał, że Jezus uniknął śmierci na Golgocie i uciekł do Indii, gdzie działał aż do śmierci w wieku 120 lat.