Dwa najważniejsze ugrupowania to szyici i sunnici. Każde z nich dzieli się jednak na liczne odłamy. Na 100 muzułmanów 83 to sunnici, a około 15 jest szyitami. Pozostali należą do rozmaitych sekt, takich jak druzowie, czarni muzułmanie lub indonezyjscy Abanganowie, którzy przemieszali islam z buddyzmem, hinduizmem i miejscowymi kultami.

Cechą wyróżniającą mniejszość szyicką jest przekonanie, że zarówno religia, jak i Kur’an mają znaczenie ezoteryczne, czyli ukryte. Jednakże głównym powodem rozłamu była właściwie kwestia dziedziczenia. Szyici (słowo to oznacza „stronników” i odnosi się do „stronników Alego”) obstają przy tak zwanym legitymizmie, twierdząc, iż prawo do sprawowania zwierzchnictwa przysługuje wyłącznie Alemu — kuzynowi i zięciowi Muhammada — oraz jego potomkom.

Ali i jego następcy to imamowie, przywódcy o absolutnej władzy duchowej. Rozbieżne są zdania co do tego, ilu ich było, ale największe ugrupowanie szyickie, dwunastowcy, uważa, że 12. W roku 878 dwunasty imam został „ukryty”, to znaczy zniknął złożywszy obietnicę, że powróci przed końcem świata, aby ustanowić islamskie rządy oparte na sprawiedliwości.

Muzułmanie szyiccy odprawiają doroczne uroczystości upamiętniające męczeństwo Husajna, wnuka Muhammada. Pisarz Rahman tak to komentuje: „Oglądając od dzieciństwa tak realistyczną rekonstrukcję tego wydarzenia, szyita może wykształcić w sobie ogromną wrażliwość na cudzą niedolę i krzywdę, a śmierć męczeńska urasta w jego oczach do rangi ideału”.

Do nowszych i bardziej znanych ruchów należy bahaizm, który w połowie XIX wieku wyłonił się w Iranie z islamu szyickiego.